Vertebrate Genomes assembly hubs, track statistics

Assemblies from NCBI/Genbank/Refseq sources, subset of other vertebrates only.

See also: hub accessassembly statistics


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The numbers are: item count (percent coverage)
Except for the gc5Base column which is: overall GC % average (percent coverage)
count common name
link to genome browser
ncbiRefSeq xenoRefGene augustus
genes
Ensembl
genes
gc5 base gaps assembly
sequences
Repeat
Masker
TRF
simpleRepeat
window
Masker
cpg
islands
1 Abingdon island giant tortoise
GCF_003597395.1
50,402
(2.95 %)
14,990
(1.01 %)
19,565
(1.58 %)
34,846
(1.54 %)
43.71
(94.31 %)
63,430
(5.70 %)
10,618
(100.00 %)
1,553,204
(12.95 %)
274,155
(1.11 %)
12,664,684
(27.42 %)
62,829
(1.59 %)
2 adder (hap1 2024)
GCA_964194415.1
n/a 13,898
(1.18 %)
20,039
(1.94 %)
n/a 41.09
(99.99 %)
1,057
(0.01 %)
480
(100.00 %)
3,740,180
(50.44 %)
792,731
(6.25 %)
7,621,640
(45.94 %)
116,506
(4.68 %)
3 adder (hap2 2024)
GCA_964194405.1
n/a 12,344
(1.22 %)
17,320
(1.89 %)
n/a 41.00
(99.99 %)
908
(0.01 %)
1,256
(99.99 %)
3,221,370
(48.42 %)
681,209
(5.18 %)
6,734,253
(44.26 %)
99,366
(4.44 %)
4 Aeolian wall lizard (La Canna islet alternate hap 2022)
GCA_027172095.1
n/a 2,101
(1.18 %)
5,350
(2.76 %)
n/a 43.70
(99.99 %)
3
(0.00 %)
4,811
(100.00 %)
103,373
(4.27 %)
58,480
(3.90 %)
895,535
(27.44 %)
10,399
(2.84 %)
5 Aeolian wall lizard (La Canna islet primary hap 2022 refseq)
GCF_027172205.1
57,514
(4.49 %)
14,340
(1.37 %)
20,053
(2.31 %)
n/a 43.81
(100.00 %)
30
(0.00 %)
27
(100.00 %)
832,937
(4.17 %)
474,203
(4.04 %)
7,020,288
(38.29 %)
94,745
(2.70 %)
6 African bullfrog (1538 2019)
GCA_004786255.1
n/a 13,258
(1.31 %)
15,309
(2.28 %)
n/a 38.30
(89.51 %)
121,461
(10.52 %)
5,411
(100.00 %)
491,540
(1.54 %)
401,074
(2.30 %)
8,595,741
(27.94 %)
14,854
(0.31 %)
7 African bullfrog (2023)
GCF_032062135.1
39,241
(5.22 %)
13,325
(1.31 %)
16,015
(2.29 %)
n/a 38.30
(97.16 %)
40,350
(2.85 %)
8,090
(100.00 %)
490,197
(1.53 %)
403,071
(2.55 %)
8,536,428
(30.37 %)
16,231
(0.36 %)
8 African clawed frog (2021)
GCF_017654675.1
80,912
(3.89 %)
23,666
(1.59 %)
32,527
(2.45 %)
112,506
(5.21 %)
39.34
(99.94 %)
667
(0.06 %)
55
(100.00 %)
4,269,095
(35.49 %)
1,028,861
(6.46 %)
14,246,823
(43.67 %)
108,774
(1.25 %)
9 American alligator (2023 refseq)
GCF_030867095.1
60,799
(4.33 %)
14,383
(0.98 %)
18,600
(1.45 %)
n/a 45.01
(99.30 %)
161
(0.70 %)
195
(100.00 %)
3,322,624
(43.19 %)
478,208
(1.77 %)
12,316,424
(32.01 %)
49,792
(2.45 %)
10 American alligator (KSC_2009_1 2016)
GCF_000281125.3
51,013
(3.53 %)
14,424
(1.06 %)
19,690
(1.51 %)
n/a 44.30
(97.86 %)
236,641
(2.19 %)
7,094
(100.00 %)
2,842,761
(36.86 %)
291,584
(0.69 %)
12,464,318
(27.91 %)
35,531
(1.28 %)
11 American eel (EN2019 2024)
GCF_018555375.3
67,474
(10.58 %)
17,131
(2.21 %)
34,322
(5.40 %)
n/a 43.73
(99.99 %)
985
(0.01 %)
967
(100.00 %)
766,696
(5.03 %)
756,877
(7.81 %)
5,766,995
(27.42 %)
133,933
(8.63 %)
12 Asian vine snake (Xishuangbanna 2023)
GCF_028640845.1
47,555
(4.15 %)
13,005
(1.05 %)
17,560
(1.65 %)
n/a 40.80
(100.00 %)
331
(0.00 %)
748
(100.00 %)
1,484,082
(7.70 %)
1,033,385
(5.12 %)
8,266,544
(48.89 %)
105,815
(4.08 %)
13 Asiatic toad (SCDJY-AF-19 2020)
GCF_014858855.1
42,994
(1.39 %)
14,061
(0.43 %)
43,525
(1.76 %)
36,577
(1.09 %)
44.37
(98.21 %)
3,874
(1.79 %)
748
(100.00 %)
1,577,809
(1.79 %)
2,975,473
(12.67 %)
18,834,930
(58.75 %)
415,605
(4.12 %)
14 Atlantic hagfish (MG_SS 2024)
GCF_040869285.1
46,374
(1.72 %)
7,719
(0.19 %)
59,788
(2.68 %)
n/a 44.23
(99.94 %)
4,876
(0.06 %)
4,270
(100.00 %)
2,094,143
(3.54 %)
3,212,025
(29.83 %)
8,998,320
(75.15 %)
408,391
(12.65 %)
15 Atlantic hagfish (primary hap 2024)
GCA_964187855.1
n/a 6,662
(0.20 %)
45,484
(2.63 %)
n/a 44.32
(99.97 %)
4,412
(0.03 %)
4,004
(100.00 %)
1,698,449
(3.61 %)
2,644,659
(27.70 %)
7,620,145
(74.29 %)
331,404
(12.87 %)
16 Atlantic ridley (rLepKem1 hap1 2025)
GCA_965140285.1
n/a 14,835
(1.03 %)
17,938
(1.53 %)
n/a 44.16
(100.00 %)
219
(0.00 %)
273
(100.00 %)
1,346,135
(12.58 %)
326,849
(2.26 %)
10,620,784
(34.46 %)
46,936
(1.44 %)
17 Atlantic ridley (rLepKem1 hap2 2025)
GCA_965140265.1
n/a 14,601
(1.02 %)
17,367
(1.50 %)
n/a 44.08
(100.00 %)
245
(0.00 %)
332
(100.00 %)
1,335,525
(12.58 %)
314,640
(2.13 %)
10,517,469
(34.27 %)
45,940
(1.37 %)
18 Atlantic stingray (hap1 2023 refseq)
GCF_030144855.1
60,922
(2.51 %)
12,544
(0.38 %)
28,250
(1.22 %)
n/a 43.35
(99.99 %)
1,648
(0.01 %)
2,989
(100.00 %)
8,579,099
(49.81 %)
831,222
(15.75 %)
21,718,178
(51.79 %)
105,821
(2.42 %)
19 Atlantic stingray (hap2 2023)
GCA_030144785.1
n/a 11,960
(0.40 %)
25,618
(1.25 %)
n/a 42.94
(99.99 %)
1,633
(0.01 %)
1,412
(100.00 %)
7,453,535
(49.31 %)
686,063
(13.00 %)
19,985,605
(50.32 %)
86,138
(2.16 %)
20 Australian saltwater crocodile
GCF_001723895.1
34,090
(2.80 %)
12,481
(1.05 %)
13,920
(1.38 %)
n/a 43.90
(94.72 %)
97,039
(5.30 %)
70
(100.00 %)
2,480,154
(36.88 %)
215,190
(0.56 %)
11,196,176
(26.22 %)
26,647
(0.98 %)
21 axolotl (DD151 2021)
GCA_002915635.3
n/a 16,280
(0.07 %)
186,628
(1.11 %)
n/a 46.01
(99.99 %)
184,422
(0.01 %)
27,157
(100.00 %)
28,291,633
(68.19 %)
7,299,053
(4.96 %)
211,579
(99.99 %)
2,388,998
(5.24 %)
22 axolotl (Mex_15411 2024)
GCF_040938575.1
96,841
(0.40 %)
18,564
(0.07 %)
184,527
(1.17 %)
n/a 46.34
(100.00 %)
2,095
(0.00 %)
221
(100.00 %)
27,951,551
(67.11 %)
8,561,025
(9.70 %)
2,316
(100.00 %)
2,452,305
(5.31 %)
23 basking shark (sCetMax3.hap1.1 2024)
GCA_964194155.1
n/a 13,757
(0.41 %)
22,690
(1.04 %)
n/a 44.49
(99.99 %)
2,778
(0.01 %)
5,088
(100.00 %)
6,693,687
(65.70 %)
1,238,350
(12.60 %)
21,698,294
(51.34 %)
113,759
(1.90 %)
24 basking shark (sCetMax3.hap2.1 2024)
GCA_964194165.1
n/a 13,515
(0.42 %)
21,374
(1.06 %)
n/a 44.47
(99.99 %)
2,740
(0.01 %)
6,569
(99.99 %)
6,483,403
(66.87 %)
1,041,828
(9.99 %)
21,142,745
(50.24 %)
107,555
(1.88 %)
25 Bellinger river turtle (v2 BRST_UC0152H_USYD 2025)
GCA_040894355.2
n/a 14,713
(1.14 %)
18,959
(1.77 %)
n/a 43.21
(100.00 %)
77
(0.00 %)
110
(100.00 %)
1,130,167
(11.21 %)
213,193
(1.80 %)
11,049,207
(26.48 %)
53,921
(2.09 %)
26 beluga (Lower Danube River Hh-F2 2024)
GCA_036884735.1
n/a 24,635
(1.65 %)
38,296
(3.71 %)
n/a 39.96
(99.90 %)
3,967
(0.10 %)
1,383
(100.00 %)
1,315,442
(3.30 %)
1,268,850
(7.99 %)
10,595,211
(41.03 %)
65,207
(2.45 %)
27 Blainville's horned lizard (alternate hap 2022)
GCA_026167975.1
n/a 12,696
(0.93 %)
14,818
(1.50 %)
n/a 41.27
(100.00 %)
64
(0.00 %)
52
(100.00 %)
1,468,805
(6.73 %)
739,796
(3.28 %)
10,900,584
(40.56 %)
76,786
(1.60 %)
28 Blainville's horned lizard (primary hap 2022)
GCA_026167985.1
n/a 13,944
(0.92 %)
16,009
(1.45 %)
n/a 41.21
(100.00 %)
73
(0.00 %)
78
(100.00 %)
1,636,825
(6.67 %)
826,053
(3.24 %)
12,398,166
(40.90 %)
86,825
(1.61 %)
29 blonde ray (primary hap 2023)
GCA_963514005.1
n/a 11,900
(0.54 %)
27,568
(1.55 %)
n/a 44.98
(99.98 %)
2,269
(0.02 %)
1,647
(100.00 %)
8,972,805
(66.20 %)
1,061,811
(8.11 %)
11,599,498
(58.72 %)
278,499
(6.42 %)
30 brown anole (Geneva1000 2022 refseq)
GCF_025583915.1
38,099
(3.25 %)
14,028
(1.05 %)
19,932
(1.81 %)
n/a 41.14
(98.37 %)
114,440
(1.64 %)
118,178
(98.36 %)
1,376,455
(6.78 %)
1,094,843
(5.18 %)
9,127,396
(44.98 %)
46,291
(1.18 %)
31 brown anole (maternal hap 2024 genbank)
GCA_037176765.1
n/a 14,463
(1.05 %)
20,625
(1.90 %)
n/a 41.31
(100.00 %)
191
(0.00 %)
29
(100.00 %)
1,456,556
(7.33 %)
1,162,200
(6.85 %)
9,275,690
(46.71 %)
44,738
(1.08 %)
32 Brown anole (maternal hap 2024 refseq)
GCF_037176765.1
41,782
(3.73 %)
14,463
(1.05 %)
20,186
(1.84 %)
n/a 41.31
(100.00 %)
191
(0.00 %)
29
(100.00 %)
1,456,556
(7.33 %)
1,162,200
(6.85 %)
9,275,690
(46.71 %)
44,738
(1.08 %)
33 Brown anole (rAnoSag1 2024)
GCA_037176775.1
n/a 12,479
(1.04 %)
16,886
(1.81 %)
n/a 41.00
(100.00 %)
172
(0.00 %)
41
(100.00 %)
1,249,920
(6.94 %)
941,401
(5.42 %)
8,402,482
(44.77 %)
37,299
(1.02 %)
34 brown house snake (FMNH 251328 2023)
GCA_027560395.1
n/a 11,753
(1.00 %)
29,468
(1.83 %)
n/a 40.67
(98.13 %)
169,987
(1.84 %)
753,655
(98.16 %)
1,167,225
(5.67 %)
768,909
(2.88 %)
8,825,109
(34.93 %)
53,035
(1.80 %)
35 brown spotted pit viper
GCF_001527695.2
24,323
(2.63 %)
14,045
(1.20 %)
27,133
(2.20 %)
n/a 39.97
(92.15 %)
115,571
(7.86 %)
167,851
(92.14 %)
1,227,118
(8.97 %)
819,247
(3.70 %)
8,328,674
(35.16 %)
68,858
(2.06 %)
36 brownbanded bambooshark (Juve2018m 2025)
GCF_047496795.1
60,935
(1.72 %)
12,494
(0.29 %)
21,756
(0.89 %)
n/a 44.10
(99.99 %)
2,891
(0.01 %)
1,989
(100.00 %)
1,123,600
(4.34 %)
1,904,298
(18.02 %)
24,059,272
(54.04 %)
56,396
(1.81 %)
37 Burmese python
GCF_000186305.1
35,663
(4.16 %)
13,718
(1.31 %)
20,498
(2.06 %)
n/a 39.61
(96.54 %)
235,132
(3.52 %)
274,244
(96.48 %)
727,874
(3.19 %)
409,033
(2.06 %)
8,318,382
(25.30 %)
29,212
(1.10 %)
38 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 alternate hap 2022)
GCA_022578425.1
n/a 13,973
(0.70 %)
47,231
(2.71 %)
n/a 41.26
(99.97 %)
5,955
(0.03 %)
60,824
(99.97 %)
1,793,416
(10.43 %)
1,374,078
(8.30 %)
10,043,407
(46.03 %)
89,437
(4.63 %)
39 California glossy snake (A.elegans occidentalis HBS 135684 primary hap 2022)
GCA_022577455.1
n/a 13,386
(1.04 %)
21,767
(2.35 %)
n/a 40.56
(100.00 %)
256
(0.00 %)
140
(100.00 %)
1,354,500
(9.93 %)
998,712
(8.21 %)
8,504,468
(46.70 %)
78,768
(3.37 %)
40 Caribbean electric ray (hap1 2024 refseq)
GCF_036971445.1
77,919
(2.56 %)
11,965
(0.44 %)
20,833
(1.25 %)
n/a 43.35
(99.99 %)
1,443
(0.01 %)
595
(100.00 %)
4,902,644
(34.96 %)
1,040,891
(17.82 %)
16,403,243
(54.79 %)
113,936
(1.69 %)
41 Caribbean electric ray (hap2 2024)
GCA_036971175.1
n/a 11,692
(0.46 %)
19,961
(1.22 %)
n/a 42.79
(99.99 %)
1,507
(0.01 %)
445
(100.00 %)
4,781,152
(36.16 %)
876,063
(14.65 %)
16,060,040
(52.49 %)
101,598
(1.64 %)
42 central bearded dragon
GCF_900067755.1
42,304
(3.53 %)
13,856
(1.19 %)
17,956
(1.96 %)
n/a 41.81
(96.03 %)
90,546
(3.99 %)
13,749
(100.00 %)
821,868
(3.44 %)
570,849
(3.46 %)
9,494,309
(29.78 %)
48,137
(1.31 %)
43 Chinese alligator
GCF_000455745.1
49,884
(3.04 %)
14,431
(1.00 %)
15,854
(1.43 %)
n/a 44.49
(96.86 %)
167,965
(3.17 %)
177,282
(96.83 %)
2,919,372
(38.76 %)
346,310
(1.06 %)
12,332,417
(29.19 %)
46,638
(1.19 %)
44 Chinese crocodile lizard (Guangxi GXDGS128 2021)
GCA_021292165.1
n/a 15,365
(1.01 %)
20,233
(1.64 %)
n/a 44.88
(100.00 %)
852
(0.00 %)
1,553
(100.00 %)
2,058,732
(7.85 %)
845,208
(2.04 %)
11,639,209
(43.21 %)
116,459
(3.04 %)
45 Chinese soft-shelled turtle
GCF_000230535.1
45,441
(3.08 %)
13,715
(0.96 %)
16,798
(1.50 %)
n/a 44.42
(95.68 %)
185,476
(4.35 %)
205,380
(95.65 %)
1,193,608
(10.92 %)
455,163
(3.06 %)
11,234,886
(32.34 %)
95,997
(2.06 %)
46 cloudy catshark (Kashiwa2021f 2025)
GCF_047496885.1
69,529
(1.56 %)
13,335
(0.25 %)
28,473
(0.76 %)
n/a 49.26
(99.99 %)
4,654
(0.01 %)
2,007
(100.00 %)
1,668,127
(2.89 %)
2,316,011
(21.50 %)
22,209,447
(67.48 %)
706,094
(13.30 %)
47 coelacanth
GCF_000225785.1
40,763
(2.63 %)
13,493
(0.78 %)
17,640
(1.50 %)
n/a 41.15
(76.37 %)
269,010
(23.67 %)
291,829
(76.33 %)
2,026,776
(9.13 %)
571,917
(1.19 %)
14,630,157
(34.87 %)
42,857
(0.54 %)
48 coelacanth (fLatCha1 primary hap 2024)
GCF_037176945.1
40,046
(2.75 %)
13,820
(0.63 %)
17,285
(1.40 %)
n/a 42.38
(100.00 %)
154
(0.00 %)
197
(100.00 %)
2,064,326
(2.75 %)
1,047,267
(3.01 %)
15,613,479
(54.45 %)
140,027
(2.34 %)
49 Columbretes wall lizard (hap1.1 2025)
GCA_965112155.1
n/a 14,276
(1.31 %)
20,158
(2.24 %)
n/a 44.06
(99.99 %)
921
(0.01 %)
290
(100.00 %)
871,508
(4.31 %)
539,525
(6.79 %)
7,116,593
(40.00 %)
97,685
(3.45 %)
50 Columbretes wall lizard (hap2.1 2025)
GCA_965178375.1
n/a 13,776
(1.35 %)
19,389
(2.28 %)
n/a 43.97
(99.99 %)
867
(0.01 %)
1,011
(99.99 %)
816,540
(4.18 %)
497,364
(6.95 %)
6,729,569
(39.28 %)
89,601
(3.31 %)
51 common blue-tongued skink (hap1 2024)
GCA_035046495.1
n/a 13,999
(1.21 %)
18,145
(2.02 %)
n/a 44.85
(100.00 %)
286
(0.00 %)
827
(100.00 %)
844,126
(6.57 %)
462,086
(2.56 %)
8,237,807
(37.72 %)
30,098
(0.96 %)
52 common blue-tongued skink (hap2 2024)
GCA_035046505.1
n/a 13,266
(1.21 %)
16,750
(1.98 %)
n/a 44.73
(100.00 %)
372
(0.00 %)
350
(100.00 %)
782,672
(6.46 %)
434,795
(2.20 %)
7,788,697
(37.04 %)
28,089
(0.98 %)
53 common frog (alternate hap 2021)
GCA_905171725.1
n/a 13,073
(0.44 %)
43,036
(1.95 %)
n/a 44.07
(100.00 %)
14
(0.00 %)
12,033
(100.00 %)
1,489,788
(2.18 %)
2,621,157
(9.04 %)
17,154,926
(55.44 %)
581,115
(7.68 %)
54 common garter snake
GCF_001077635.1
26,656
(3.83 %)
11,623
(1.25 %)
17,501
(2.23 %)
n/a 39.92
(78.84 %)
246,220
(21.21 %)
175,977
(78.79 %)
606,040
(3.22 %)
543,646
(2.36 %)
6,946,141
(27.08 %)
36,264
(1.27 %)
55 common lizard Z.vivipara (primary hap 2023)
GCF_963506605.1
45,869
(6.34 %)
14,279
(1.46 %)
19,710
(2.38 %)
n/a 44.05
(99.99 %)
683
(0.01 %)
48
(100.00 %)
4,128,183
(45.62 %)
513,318
(3.73 %)
7,172,928
(37.61 %)
92,858
(2.90 %)
56 common lizard Z.vivipara (hap1.1 2025)
GCA_965207765.1
n/a 14,100
(1.43 %)
19,472
(2.36 %)
n/a 43.99
(100.00 %)
108
(0.00 %)
61
(100.00 %)
884,631
(4.70 %)
507,148
(3.64 %)
7,206,478
(37.26 %)
89,393
(2.87 %)
57 common lizard Z.vivipara (hap2.1 2025)
GCA_965208345.1
n/a 14,258
(1.44 %)
19,379
(2.37 %)
n/a 43.99
(100.00 %)
102
(0.00 %)
169
(100.00 %)
884,140
(4.69 %)
506,524
(3.53 %)
7,214,124
(37.18 %)
89,651
(2.88 %)
58 common newt (primary hap 2024)
GCA_964263255.1
n/a 17,972
(0.09 %)
229,830
(1.61 %)
n/a 45.06
(100.00 %)
4,030
(0.00 %)
15,265
(100.00 %)
4,807,454
(1.50 %)
10,258,109
(12.52 %)
19,295
(100.00 %)
2,684,793
(7.99 %)
59 common spadefoot toad (primary hap 2024 genbank)
GCA_036172605.1
n/a 14,564
(0.56 %)
46,435
(2.21 %)
n/a 42.04
(100.00 %)
349
(0.00 %)
161
(100.00 %)
1,677,382
(3.51 %)
3,229,435
(13.31 %)
15,027,089
(51.43 %)
282,389
(3.86 %)
60 common spadefoot toad (primary hap 2024 refseq)
GCF_036172605.1
42,170
(1.55 %)
14,560
(0.56 %)
46,435
(2.21 %)
n/a 42.04
(100.00 %)
349
(0.00 %)
159
(100.00 %)
1,677,374
(3.51 %)
3,229,434
(13.31 %)
15,027,049
(51.43 %)
282,389
(3.86 %)
61 common toad (alternate hap 2021)
GCA_905171715.1
n/a 12,074
(0.39 %)
46,329
(1.82 %)
n/a 44.48
(99.99 %)
156
(0.01 %)
24,351
(99.99 %)
1,186,360
(1.65 %)
2,279,941
(13.33 %)
14,665,548
(61.48 %)
405,097
(4.49 %)
62 common toad (primary hap 2021)
GCF_905171765.1
45,085
(1.10 %)
14,240
(0.38 %)
46,470
(1.68 %)
37,594
(0.91 %)
44.49
(99.80 %)
4,199
(0.20 %)
1,306
(100.00 %)
1,658,204
(1.79 %)
3,099,513
(13.49 %)
19,236,510
(62.70 %)
539,919
(4.45 %)
63 common wall lizard (hap1 2024)
GCA_964188315.1
n/a 14,322
(1.36 %)
19,700
(2.31 %)
n/a 44.23
(99.99 %)
827
(0.01 %)
185
(100.00 %)
868,785
(4.15 %)
544,999
(4.79 %)
7,097,077
(38.69 %)
120,725
(3.71 %)
64 common wall lizard (hap2 2024)
GCA_964188365.1
n/a 13,838
(1.39 %)
19,262
(2.35 %)
n/a 44.17
(99.99 %)
734
(0.01 %)
825
(99.99 %)
815,808
(4.07 %)
494,366
(4.53 %)
6,739,651
(37.84 %)
113,458
(3.63 %)
65 common wall lizard (yellow 2019)
GCF_004329235.1
56,506
(4.85 %)
14,453
(1.36 %)
20,529
(2.31 %)
n/a 44.18
(99.81 %)
4,085
(0.19 %)
2,161
(100.00 %)
1,089,164
(8.31 %)
506,669
(2.12 %)
7,474,116
(36.15 %)
122,507
(3.69 %)
66 corn snake (Columbia U 2023)
GCF_029531705.1
53,076
(4.72 %)
13,697
(1.21 %)
20,819
(2.22 %)
n/a 40.33
(96.60 %)
3,553
(3.40 %)
4,019
(96.60 %)
4,116,616
(49.72 %)
917,455
(3.96 %)
8,460,248
(40.76 %)
64,946
(2.08 %)
67 corn snake (EG266 2020)
GCF_001185365.1
48,995
(3.92 %)
13,316
(1.14 %)
23,595
(2.17 %)
29,466
(2.61 %)
40.35
(95.32 %)
84,947
(4.70 %)
34,268
(100.00 %)
1,243,828
(6.50 %)
884,533
(3.25 %)
8,373,398
(40.31 %)
66,926
(2.14 %)
68 corroboree frog (hap1 2023)
GCA_028390055.1
n/a 14,955
(0.23 %)
n/a n/a 45.61
(99.80 %)
2,431
(0.20 %)
5,958
(99.80 %)
20,007,151
(76.28 %)
5,951,819
(19.40 %)
5,958
(99.80 %)
991,009
(4.86 %)
69 corroboree frog (hap2 2023 refseq)
GCF_028390025.1
140,657
(1.12 %)
15,461
(0.24 %)
54,344
(1.07 %)
n/a 45.66
(99.76 %)
2,699
(0.24 %)
3,127
(100.00 %)
3,521,281
(2.88 %)
5,902,115
(18.63 %)
5,826
(99.76 %)
990,274
(4.84 %)
70 Cretan wall lizard (alternate hap 2023)
GCA_951804955.1
n/a 13,192
(1.36 %)
19,293
(2.32 %)
n/a 43.88
(100.00 %)
n/a 1,936
(100.00 %)
808,341
(4.31 %)
467,532
(2.91 %)
6,418,809
(38.02 %)
107,080
(3.15 %)
71 Cretan wall lizard (primary hap 2023)
GCA_951804945.1
n/a 14,249
(1.37 %)
19,304
(2.27 %)
n/a 43.87
(100.00 %)
47
(0.00 %)
55
(100.00 %)
882,564
(4.30 %)
511,174
(3.24 %)
7,094,363
(38.65 %)
117,222
(3.18 %)
72 crested gecko (US Hobby MAA-2024a 2024)
GCA_040207535.1
n/a 13,876
(1.22 %)
18,274
(2.01 %)
n/a 45.06
(100.00 %)
11
(0.00 %)
162
(100.00 %)
1,021,810
(6.04 %)
410,843
(1.76 %)
8,147,007
(34.90 %)
79,154
(2.34 %)
73 diamondback terrapin (hap1 2023 refseq)
GCF_027887155.1
50,318
(3.53 %)
15,109
(1.08 %)
19,280
(1.62 %)
n/a 44.46
(99.92 %)
141
(0.08 %)
76
(100.00 %)
4,088,064
(46.33 %)
403,943
(1.72 %)
11,014,504
(33.74 %)
110,838
(2.71 %)
74 diamondback terrapin (hap2 rMalTer1 2023)
GCA_027887205.1
n/a 15,081
(1.08 %)
19,115
(1.62 %)
n/a 44.46
(99.98 %)
127
(0.02 %)
59
(100.00 %)
4,093,707
(46.36 %)
404,046
(1.70 %)
11,113,266
(33.78 %)
111,129
(2.68 %)
75 eastern brown snake
GCF_900518735.1
34,614
(3.30 %)
13,625
(1.22 %)
21,795
(2.00 %)
n/a 39.84
(97.54 %)
59,472
(2.47 %)
28,550
(100.00 %)
1,020,240
(5.86 %)
663,810
(2.41 %)
8,140,554
(39.61 %)
52,895
(2.12 %)
76 eastern musk turtle (primary hap 2023)
GCA_032164245.1
n/a 13,413
(1.19 %)
18,038
(1.85 %)
n/a 44.58
(99.99 %)
553
(0.01 %)
771
(99.99 %)
1,003,504
(9.02 %)
621,617
(3.54 %)
8,327,948
(30.44 %)
117,734
(4.05 %)
77 eastern narrow-mouthed toad (hap2 2023)
GCA_027917415.1
n/a 13,632
(0.43 %)
35,630
(1.52 %)
n/a 46.77
(99.99 %)
1,773
(0.01 %)
590
(100.00 %)
1,759,193
(1.98 %)
2,013,186
(16.21 %)
16,138,898
(60.55 %)
614,432
(5.85 %)
78 eastern narrow-mouthed toad (primary haplotype 2023)
GCA_027917425.1
n/a 13,882
(0.43 %)
35,323
(1.46 %)
n/a 46.78
(99.99 %)
1,745
(0.01 %)
1,002
(100.00 %)
1,769,293
(1.99 %)
2,023,109
(16.33 %)
16,148,710
(60.55 %)
618,204
(5.89 %)
79 elephant shark (2021)
GCF_018977255.1
32,553
(4.75 %)
11,542
(1.51 %)
18,900
(3.25 %)
n/a 42.85
(99.99 %)
14,404
(0.01 %)
3,822
(99.99 %)
1,971,730
(36.60 %)
433,955
(3.92 %)
5,654,656
(37.91 %)
41,081
(3.43 %)
80 epaulette shark (alternate hap sHemOce1 2021)
GCA_020745765.1
n/a 12,650
(0.38 %)
20,614
(1.06 %)
n/a 42.75
(97.99 %)
3,552
(2.01 %)
4,000
(100.00 %)
9,489,793
(70.34 %)
976,827
(6.97 %)
21,183,330
(44.32 %)
42,917
(1.08 %)
81 epaulette shark (primary hap 2021 refseq)
GCF_020745735.1
43,156
(1.65 %)
12,749
(0.40 %)
19,519
(1.06 %)
n/a 42.76
(98.05 %)
3,716
(1.95 %)
1,962
(100.00 %)
9,420,365
(63.82 %)
935,037
(6.51 %)
20,660,566
(43.88 %)
41,682
(1.08 %)
82 European common frog (2021)
GCF_905171775.1
51,633
(1.57 %)
13,864
(0.46 %)
39,978
(1.88 %)
57,578
(1.85 %)
44.15
(99.36 %)
1,860
(0.64 %)
554
(100.00 %)
1,804,642
(3.42 %)
2,925,830
(9.39 %)
18,921,726
(55.43 %)
641,799
(7.66 %)
83 European eel (alternate hap 2020)
GCA_013347865.1
n/a 17,177
(2.21 %)
36,037
(5.58 %)
n/a 43.55
(100.00 %)
n/a 2,338
(100.00 %)
811,567
(5.37 %)
759,871
(7.97 %)
5,672,321
(27.30 %)
127,837
(8.05 %)
84 European eel (primary hap 2020 refseq)
GCF_013347855.1
64,143
(9.57 %)
17,054
(2.22 %)
34,278
(5.56 %)
79,684
(7.37 %)
43.64
(99.61 %)
640
(0.40 %)
54
(100.00 %)
831,037
(5.48 %)
786,521
(8.15 %)
5,700,890
(27.40 %)
130,346
(8.19 %)
85 European leaf-toed gecko (hap1 2023)
GCF_029931775.1
24,643
(2.02 %)
14,238
(1.16 %)
21,782
(2.17 %)
n/a 44.68
(99.77 %)
153
(0.23 %)
591
(100.00 %)
1,174,615
(6.99 %)
436,937
(2.95 %)
8,308,817
(39.80 %)
83,089
(2.82 %)
86 European leaf-toed gecko (hap2 2023)
GCA_029931755.1
n/a 14,220
(1.16 %)
21,979
(2.19 %)
n/a 44.64
(99.68 %)
177
(0.32 %)
381
(100.00 %)
1,169,660
(6.57 %)
432,998
(2.45 %)
8,403,791
(39.55 %)
82,695
(2.80 %)
87 European pond turtle (hap1 2023 genbank)
GCA_028017835.1
n/a 14,802
(0.99 %)
19,772
(1.60 %)
n/a 44.74
(99.86 %)
148
(0.14 %)
106
(100.00 %)
1,526,737
(12.44 %)
460,562
(2.12 %)
11,130,580
(35.42 %)
136,002
(2.92 %)
88 European pond turtle (hap1 2023 refseq)
GCF_028017835.1
27,890
(1.81 %)
14,802
(0.99 %)
19,772
(1.60 %)
n/a 44.74
(99.86 %)
148
(0.14 %)
106
(100.00 %)
1,526,737
(12.44 %)
460,562
(2.12 %)
11,130,580
(35.42 %)
136,002
(2.92 %)
89 European pond turtle (hap2 rEmyOrb1 2023)
GCA_028017845.1
n/a 14,971
(1.00 %)
20,099
(1.61 %)
n/a 44.79
(99.77 %)
130
(0.23 %)
156
(100.00 %)
1,536,611
(12.44 %)
471,903
(2.16 %)
11,129,943
(35.50 %)
138,047
(2.94 %)
90 European river lamprey (primary hap 2024)
GCA_964198595.1
n/a 7,757
(0.73 %)
36,797
(4.29 %)
n/a 49.25
(99.97 %)
1,795
(0.03 %)
1,497
(100.00 %)
657,405
(7.80 %)
1,165,422
(20.23 %)
4,931,883
(50.78 %)
149,123
(44.61 %)
91 Far Eastern brook lamprey (LAM-NWPU_2019-01 2020)
GCF_015708825.1
37,946
(7.32 %)
7,797
(0.72 %)
39,285
(4.37 %)
n/a 48.80
(98.99 %)
3,287
(1.01 %)
1,946
(100.00 %)
716,804
(6.02 %)
1,192,268
(15.54 %)
5,304,945
(47.85 %)
170,623
(43.14 %)
92 fence lizard
GCF_019175285.1
48,391
(3.65 %)
14,000
(1.07 %)
17,384
(1.71 %)
n/a 41.25
(97.53 %)
48,138
(2.47 %)
45,012
(100.00 %)
1,357,856
(6.95 %)
596,824
(1.92 %)
11,090,372
(34.38 %)
67,007
(1.51 %)
93 Filfola wall lizard (rPodFil1.hap1.1 2024)
GCA_964270895.1
n/a 14,292
(1.37 %)
20,325
(2.33 %)
n/a 43.79
(99.99 %)
872
(0.01 %)
353
(100.00 %)
840,209
(4.04 %)
484,479
(4.00 %)
7,010,158
(37.94 %)
87,924
(2.61 %)
94 Filfola wall lizard (rPodFil1.hap2.1 2024)
GCA_964270875.1
n/a 13,804
(1.42 %)
19,450
(2.39 %)
n/a 43.73
(99.99 %)
795
(0.01 %)
937
(99.99 %)
782,998
(3.95 %)
448,089
(3.61 %)
6,735,032
(36.83 %)
81,312
(2.54 %)
95 fire-bellied toad (alternate hap 2023)
GCA_027579415.1
n/a 2,936
(0.15 %)
17,722
(1.38 %)
n/a 38.51
(100.00 %)
n/a 13,751
(100.00 %)
919,882
(3.50 %)
1,443,294
(10.50 %)
7,705,012
(57.28 %)
74,669
(1.25 %)
96 fire-bellied toad (primary hap 2023 refseq)
GCF_027579735.1
38,238
(0.68 %)
15,452
(0.21 %)
47,500
(0.88 %)
n/a 38.98
(98.02 %)
7,009
(1.99 %)
2,467
(100.00 %)
4,258,941
(3.44 %)
7,150,261
(12.27 %)
9,476
(98.01 %)
n/a
97 flatback sea turtle (hap1 2025)
GCA_965152275.1
n/a 15,046
(1.09 %)
18,089
(1.57 %)
n/a 44.23
(100.00 %)
171
(0.00 %)
43
(100.00 %)
4,516,775
(43.62 %)
319,645
(1.38 %)
10,785,223
(32.95 %)
52,168
(1.81 %)
98 flatback sea turtle (hap2 2025)
GCA_965152195.1
n/a 14,229
(1.06 %)
16,514
(1.49 %)
n/a 43.97
(100.00 %)
261
(0.00 %)
322
(100.00 %)
4,567,737
(43.65 %)
288,964
(1.17 %)
10,681,579
(32.83 %)
47,249
(1.62 %)
99 Fleay's barred frog (hap1 2024)
GCA_038048845.1
n/a 14,321
(0.67 %)
22,672
(1.51 %)
n/a 40.32
(99.87 %)
1,421
(0.13 %)
2,806
(100.00 %)
1,320,578
(5.87 %)
1,506,550
(13.49 %)
13,293,397
(46.37 %)
63,677
(0.85 %)
100 Fleay's barred frog (hap2 2024)
GCA_038048865.1
n/a 14,224
(0.69 %)
22,406
(1.57 %)
n/a 40.75
(99.89 %)
1,383
(0.12 %)
914
(100.00 %)
1,300,452
(3.37 %)
1,495,355
(10.56 %)
13,385,401
(44.67 %)
64,121
(0.88 %)
101 Florida worm lizard (hap1 rRhiFlo1 2023)
GCA_030035715.1
n/a 14,392
(0.90 %)
17,909
(1.50 %)
n/a 42.86
(99.84 %)
213
(0.16 %)
836
(99.84 %)
1,440,070
(7.19 %)
620,131
(2.54 %)
10,919,950
(45.21 %)
47,933
(1.03 %)
102 Florida worm lizard (hap2 2023 genbank)
GCA_030035675.1
n/a 14,331
(0.90 %)
17,854
(1.51 %)
n/a 42.86
(99.72 %)
242
(0.28 %)
78
(100.00 %)
1,426,833
(7.17 %)
616,690
(2.63 %)
10,819,054
(45.31 %)
47,454
(1.03 %)
103 Florida worm lizard (hap2 2023 refseq)
GCF_030035675.1
65,314
(3.47 %)
14,331
(0.90 %)
17,853
(1.51 %)
n/a 42.86
(99.72 %)
242
(0.28 %)
76
(100.00 %)
1,426,827
(7.17 %)
616,687
(2.63 %)
10,819,019
(45.31 %)
47,453
(1.03 %)
104 frog A.baeobatrachus (hap1 2025)
GCA_048569485.1
n/a 13,963
(0.31 %)
43,460
(1.20 %)
n/a 46.27
(99.99 %)
3,772
(0.01 %)
3,642
(100.00 %)
2,033,935
(2.50 %)
4,040,311
(20.45 %)
20,439,907
(69.96 %)
1,159,163
(12.74 %)
105 frog A.baeobatrachus (hap2 2025)
GCA_048569465.1
n/a 13,992
(0.31 %)
43,409
(1.27 %)
n/a 46.36
(99.99 %)
3,799
(0.01 %)
2,426
(100.00 %)
1,997,963
(2.50 %)
4,002,458
(19.16 %)
20,517,633
(69.30 %)
1,152,817
(12.93 %)
106 Gaboon caecilian (alternate hap 2019)
GCA_902459495.1
n/a 12,821
(0.47 %)
30,612
(1.44 %)
n/a 43.23
(100.00 %)
1
(0.00 %)
9,651
(100.00 %)
1,139,595
(1.64 %)
1,170,215
(3.77 %)
17,091,511
(52.44 %)
235,170
(4.50 %)
107 Gaboon caecilian (v1.2 2021 genbank)
GCA_902459505.2
n/a 14,269
(0.51 %)
29,026
(1.40 %)
n/a 43.24
(99.85 %)
433
(0.15 %)
164
(100.00 %)
1,331,879
(1.68 %)
1,364,597
(3.83 %)
19,589,806
(52.85 %)
270,923
(4.52 %)
108 gharial (Ggan-Ray 2016)
GCF_001723915.1
32,284
(2.61 %)
12,194
(1.03 %)
12,758
(1.30 %)
n/a 43.95
(73.60 %)
248,526
(26.44 %)
81
(100.00 %)
2,589,103
(36.89 %)
243,334
(0.51 %)
11,279,606
(20.80 %)
26,651
(0.60 %)
109 gharial (hap1 2023)
GCA_030020385.1
n/a 14,254
(0.94 %)
23,016
(2.00 %)
n/a 45.13
(99.95 %)
61
(0.05 %)
298
(100.00 %)
1,230,357
(13.08 %)
350,230
(2.85 %)
11,854,314
(33.03 %)
39,919
(1.95 %)
110 gharial (hap2 2023)
GCA_030020295.1
n/a 14,151
(0.94 %)
23,338
(1.95 %)
n/a 45.15
(99.95 %)
118
(0.05 %)
160
(100.00 %)
1,232,693
(12.81 %)
332,737
(2.19 %)
11,907,298
(32.91 %)
40,660
(1.87 %)
111 giant manta (hap1 2023 refseq)
GCF_030028105.1
53,223
(2.04 %)
12,432
(0.38 %)
25,243
(1.14 %)
n/a 43.26
(99.23 %)
1,810
(0.77 %)
4,715
(100.00 %)
863,834
(1.59 %)
947,015
(13.41 %)
20,234,736
(54.42 %)
110,678
(1.74 %)
112 giant manta (hap2 2023)
GCA_030035685.1
n/a 12,198
(0.42 %)
23,127
(1.17 %)
n/a 42.85
(98.49 %)
1,742
(1.51 %)
1,558
(100.00 %)
7,431,472
(52.41 %)
716,951
(7.28 %)
19,456,793
(50.99 %)
91,414
(1.45 %)
113 giant South American river turtle (hap1 2024)
GCA_045364785.1
n/a 14,628
(0.85 %)
18,382
(1.34 %)
n/a 44.78
(100.00 %)
260
(0.00 %)
2,039
(100.00 %)
1,254,940
(9.13 %)
434,666
(6.73 %)
12,070,445
(35.52 %)
51,563
(1.91 %)
114 giant South American river turtle (hap2 2024)
GCA_045364815.1
n/a 14,571
(0.87 %)
18,363
(1.38 %)
n/a 44.25
(100.00 %)
224
(0.00 %)
725
(100.00 %)
1,243,321
(10.35 %)
434,716
(4.30 %)
12,200,714
(33.86 %)
51,411
(1.88 %)
115 golden mantella (hap1 2025)
GCA_048565345.1
n/a 13,675
(0.56 %)
30,568
(1.85 %)
n/a 41.00
(99.98 %)
4,138
(0.02 %)
3,088
(100.00 %)
1,225,842
(2.74 %)
2,478,484
(16.71 %)
14,761,187
(53.21 %)
164,021
(2.52 %)
116 golden mantella (hap2 2025)
GCA_048565335.1
n/a 13,400
(0.55 %)
28,454
(1.70 %)
n/a 40.91
(99.98 %)
3,921
(0.02 %)
2,611
(100.00 %)
1,203,975
(3.36 %)
2,447,119
(16.68 %)
14,661,554
(53.34 %)
160,856
(2.46 %)
117 Goodes thornscrub tortoise (Sinaloan 2019)
GCF_007399415.2
57,442
(3.17 %)
14,852
(1.00 %)
18,125
(1.49 %)
31,841
(1.80 %)
44.14
(98.71 %)
562
(1.29 %)
383
(100.00 %)
1,630,271
(13.86 %)
387,796
(2.00 %)
11,572,827
(33.36 %)
71,687
(2.29 %)
118 Goodes thornscrub tortoise (Sinaloan alternate hap 2019)
GCA_007399395.1
n/a 13,359
(0.95 %)
19,347
(1.51 %)
n/a 44.27
(100.00 %)
n/a 8,736
(100.00 %)
1,404,513
(13.79 %)
334,726
(2.35 %)
9,735,007
(33.33 %)
61,680
(2.32 %)
119 gopher snake (HBS135680 alternate hap 2023 refseq)
GCF_029215685.1
28,358
(2.73 %)
12,291
(1.06 %)
19,125
(2.02 %)
n/a 40.55
(100.00 %)
584
(0.00 %)
1,233
(100.00 %)
1,259,792
(7.92 %)
925,571
(7.56 %)
7,739,127
(45.92 %)
73,681
(2.81 %)
120 gopher snake (HBS135680 primary hap 2023)
GCA_029215655.1
n/a 13,289
(1.09 %)
20,513
(2.09 %)
n/a 40.35
(100.00 %)
603
(0.00 %)
1,029
(100.00 %)
1,325,747
(8.26 %)
973,338
(7.56 %)
8,352,703
(45.38 %)
72,941
(2.59 %)
121 graceful crag lizard (Gifberg primary hap 2022)
GCF_027244095.1
86,666
(4.30 %)
14,269
(0.91 %)
18,195
(1.57 %)
n/a 44.82
(100.00 %)
42
(0.00 %)
44
(100.00 %)
1,644,976
(6.04 %)
823,058
(3.00 %)
11,991,046
(41.43 %)
80,718
(1.90 %)
122 Grand Cayman blue iguana (hap1 2023)
GCA_030412105.1
n/a 14,094
(1.03 %)
17,875
(1.65 %)
n/a 41.62
(99.95 %)
28
(0.05 %)
30
(100.00 %)
1,100,228
(6.21 %)
423,695
(1.33 %)
11,521,828
(32.55 %)
62,978
(2.00 %)
123 Grand Cayman blue iguana (hap2 2023)
GCA_030412085.1
n/a 13,758
(1.02 %)
16,909
(1.62 %)
n/a 41.53
(99.01 %)
19
(0.99 %)
52
(99.01 %)
1,069,189
(6.12 %)
410,262
(1.25 %)
11,390,195
(32.28 %)
60,835
(1.92 %)
124 gray bichir
GCF_016835505.1
48,178
(1.88 %)
12,963
(0.44 %)
24,479
(1.21 %)
n/a 39.32
(99.96 %)
3,166
(0.04 %)
9,856
(100.00 %)
1,765,862
(2.54 %)
1,017,723
(2.38 %)
20,924,763
(47.66 %)
98,862
(1.64 %)
125 great white shark (alternate hap 2021)
GCA_017639455.1
n/a 20
(0.30 %)
63
(2.06 %)
n/a 45.02
(99.98 %)
28
(0.02 %)
39
(100.00 %)
8,165
(60.43 %)
2,740
(27.09 %)
15,863
(31.63 %)
167
(5.51 %)
126 great white shark (primary hap 2021)
GCF_017639515.1
49,865
(1.46 %)
13,010
(0.37 %)
19,263
(0.92 %)
46,152
(1.30 %)
45.21
(99.55 %)
2,645
(0.45 %)
719
(100.00 %)
1,046,023
(4.00 %)
1,584,100
(21.25 %)
23,278,563
(52.42 %)
77,021
(1.94 %)
127 green anole (JA03-04 2024)
GCF_035594765.1
56,324
(5.85 %)
14,020
(1.12 %)
20,096
(1.86 %)
n/a 40.60
(98.38 %)
841
(1.62 %)
211
(100.00 %)
4,859,635
(53.14 %)
909,429
(5.19 %)
8,304,332
(44.07 %)
56,404
(1.78 %)
128 green anole (v1 2011)
GCF_000090745.1
38,096
(3.63 %)
13,021
(1.08 %)
20,780
(1.86 %)
38,266
(3.08 %)
40.32
(94.57 %)
35,533
(5.44 %)
41,987
(94.56 %)
2,415,433
(28.92 %)
702,538
(2.99 %)
8,199,653
(39.69 %)
42,151
(1.18 %)
129 green anole (v2 2010)
GCF_000090745.2
38,096
(3.63 %)
13,140
(1.11 %)
20,772
(1.86 %)
38,229
(3.08 %)
40.32
(94.57 %)
35,530
(5.44 %)
41,986
(94.56 %)
4,455,733
(51.37 %)
702,537
(2.99 %)
8,199,580
(39.69 %)
42,151
(1.18 %)
130 green sea turtle (v2 alternate hap 2021)
GCA_015220195.2
n/a 13,635
(1.05 %)
19,414
(1.61 %)
n/a 44.16
(99.95 %)
60
(0.05 %)
6,797
(99.95 %)
3,221,668
(44.97 %)
275,275
(1.28 %)
9,802,895
(32.14 %)
45,469
(1.48 %)
131 green sea turtle (v2 primary hap 2021)
GCF_015237465.2
84,366
(4.63 %)
14,725
(1.06 %)
17,444
(1.56 %)
n/a 44.01
(99.44 %)
298
(0.56 %)
93
(100.00 %)
1,701,640
(14.83 %)
304,306
(1.25 %)
11,135,147
(31.96 %)
49,025
(1.44 %)
132 hawksbill sea turtle (B2_1 2023)
GCA_030012505.1
n/a 14,897
(1.00 %)
18,251
(1.51 %)
n/a 44.13
(100.00 %)
95
(0.00 %)
208
(100.00 %)
1,315,164
(12.07 %)
347,678
(3.60 %)
10,892,216
(35.32 %)
49,532
(1.65 %)
133 hawksbill sea turtle (hap1 2025)
GCA_965152235.1
n/a 14,710
(1.02 %)
17,589
(1.52 %)
n/a 44.04
(99.88 %)
131
(0.12 %)
63
(100.00 %)
1,289,035
(12.18 %)
310,918
(1.75 %)
10,994,433
(33.64 %)
46,532
(1.40 %)
134 hawksbill sea turtle (hap2 2025)
GCA_965152285.1
n/a 14,843
(1.02 %)
18,006
(1.54 %)
n/a 44.04
(99.88 %)
132
(0.12 %)
173
(99.88 %)
1,288,292
(12.14 %)
318,803
(2.15 %)
11,148,397
(34.07 %)
46,922
(1.41 %)
135 High Himalaya frog
GCF_000935625.1
26,109
(1.87 %)
13,695
(0.94 %)
28,085
(2.39 %)
n/a 42.55
(96.32 %)
122,325
(3.70 %)
147,513
(96.30 %)
536,058
(1.39 %)
794,563
(5.48 %)
11,465,450
(37.44 %)
219,772
(3.92 %)
136 horn shark (hap1 2024)
GCA_036365525.1
n/a 15,006
(0.28 %)
22,481
(0.80 %)
n/a 45.05
(99.53 %)
2,781
(0.47 %)
2,532
(99.97 %)
1,344,546
(5.76 %)
2,364,825
(28.34 %)
5,088
(99.53 %)
89,340
(2.10 %)
137 horn shark (hap2 2024)
GCA_036365495.1
n/a 12,766
(0.30 %)
21,591
(0.87 %)
n/a 44.88
(99.43 %)
2,790
(0.57 %)
1,496
(100.00 %)
1,008,880
(5.19 %)
1,596,129
(22.32 %)
22,180,341
(62.98 %)
82,276
(1.85 %)
138 horn shark (sHetFra1hap1 2024)
GCF_036365525.1
60,844
(1.44 %)
15,004
(0.28 %)
22,510
(0.76 %)
n/a 45.05
(99.53 %)
2,781
(0.47 %)
2,306
(100.00 %)
1,344,541
(5.76 %)
2,364,824
(28.34 %)
5,087
(99.53 %)
89,340
(2.10 %)
139 hourglass treefrog (maternal 2023 genbank)
GCA_027789725.1
n/a 14,359
(0.89 %)
32,575
(2.67 %)
n/a 43.88
(95.18 %)
788
(4.82 %)
3,358
(95.18 %)
922,807
(2.38 %)
1,744,603
(15.45 %)
10,318,168
(48.47 %)
244,270
(5.02 %)
140 hourglass treefrog (paternal 2023 refseq)
GCF_027789765.1
50,542
(2.91 %)
14,058
(0.89 %)
30,599
(2.64 %)
n/a 43.97
(99.70 %)
804
(0.30 %)
2,200
(100.00 %)
906,816
(2.43 %)
1,710,859
(17.48 %)
10,069,798
(51.41 %)
235,277
(5.56 %)
141 Iberian parsley frog (aPelIbe1 2024)
GCA_036172795.1
n/a 14,141
(0.97 %)
22,232
(2.16 %)
n/a 39.73
(100.00 %)
262
(0.00 %)
99
(100.00 %)
944,742
(4.86 %)
1,927,659
(22.26 %)
8,988,510
(49.29 %)
77,721
(1.73 %)
142 Iberian ribbed newt (20211129_DDA 2022 genbank)
GCA_026652325.1
n/a 15,136
(0.10 %)
n/a n/a 45.95
(100.00 %)
922
(0.00 %)
296
(100.00 %)
4,478,794
(1.33 %)
6,452,537
(8.86 %)
1,189
(100.00 %)
1,581,360
(4.00 %)
143 Iberian ribbed newt (hap1 20211129_DDA 2024 refseq)
GCF_031143425.1
57,032
(0.47 %)
15,184
(0.10 %)
72,314
(0.62 %)
n/a 45.93
(100.00 %)
1,829
(0.00 %)
616
(100.00 %)
4,343,624
(1.32 %)
6,295,886
(8.29 %)
2,445
(100.00 %)
1,546,882
(4.02 %)
144 Indian cobra (NN01 2019)
GCA_009733165.1
n/a 13,028
(1.10 %)
17,854
(1.73 %)
n/a 40.46
(93.80 %)
11,910
(6.20 %)
1,897
(100.00 %)
1,114,498
(5.61 %)
671,854
(2.20 %)
8,205,261
(40.40 %)
47,381
(1.37 %)
145 Indian roofed turtle (hap1 2024)
GCA_045781095.1
n/a 14,623
(1.04 %)
18,405
(1.58 %)
n/a 44.24
(100.00 %)
205
(0.00 %)
629
(100.00 %)
1,283,544
(11.43 %)
298,912
(1.85 %)
10,728,482
(32.52 %)
72,908
(2.13 %)
146 Indian roofed turtle (hap2 2024)
GCA_045781085.1
n/a 14,682
(1.03 %)
18,600
(1.58 %)
n/a 44.26
(100.00 %)
260
(0.00 %)
449
(100.00 %)
1,290,818
(11.46 %)
301,464
(1.79 %)
10,704,595
(32.71 %)
74,354
(2.05 %)
147 Indo-Pacific tarpon (alternate hap 2020)
GCA_013368575.1
n/a 17,858
(2.43 %)
32,738
(5.46 %)
n/a 43.05
(100.00 %)
3
(0.00 %)
4,333
(100.00 %)
583,632
(3.71 %)
418,411
(3.74 %)
5,198,155
(21.50 %)
76,879
(3.71 %)
148 Italian wall lizard (rPodSic1.hap1.1 2024)
GCA_964188175.1
n/a 14,241
(1.31 %)
20,399
(2.26 %)
n/a 44.32
(99.99 %)
762
(0.01 %)
296
(100.00 %)
832,389
(5.27 %)
530,449
(8.28 %)
6,937,083
(40.38 %)
106,667
(3.79 %)
149 Italian wall lizard (rPodSic1.hap2.1 2024)
GCA_964188395.1
n/a 13,696
(1.37 %)
19,278
(2.32 %)
n/a 44.15
(99.99 %)
690
(0.01 %)
842
(99.99 %)
763,893
(4.21 %)
451,861
(6.69 %)
6,696,380
(38.71 %)
98,815
(3.65 %)
150 Japanese sawshark (hap1 2024 refseq)
GCF_044704955.1
54,879
(1.24 %)
12,978
(0.27 %)
30,195
(0.79 %)
n/a 47.02
(99.98 %)
5,985
(0.02 %)
4,318
(100.00 %)
11,412,024
(71.47 %)
2,399,500
(18.16 %)
20,051,385
(71.80 %)
503,637
(6.56 %)
151 Japanese sawshark (hap2 2024)
GCA_044704965.1
n/a 14,833
(0.26 %)
30,853
(0.75 %)
n/a 47.12
(99.98 %)
5,953
(0.02 %)
5,626
(100.00 %)
1,238,549
(4.06 %)
2,718,867
(21.85 %)
11,579
(99.98 %)
518,286
(6.88 %)
152 Komodo dragon (SLA01 2019)
GCF_004798865.1
43,331
(4.33 %)
13,543
(1.31 %)
18,081
(2.11 %)
n/a 44.04
(99.03 %)
19,737
(0.97 %)
1,411
(100.00 %)
753,603
(4.91 %)
263,965
(1.41 %)
8,061,012
(24.65 %)
49,808
(4.28 %)
153 Lataste's viper (alternate hap 2022)
GCA_024294605.1
n/a 13,155
(1.15 %)
22,239
(2.06 %)
n/a 41.01
(100.00 %)
1
(0.00 %)
6,800
(100.00 %)
1,155,093
(7.75 %)
707,777
(4.25 %)
7,071,611
(44.00 %)
104,556
(4.39 %)
154 Lataste's viper (primary hap 2022)
GCA_024294585.1
n/a 13,350
(1.17 %)
18,904
(1.93 %)
n/a 40.96
(99.78 %)
769
(0.22 %)
56
(100.00 %)
1,209,793
(7.69 %)
762,735
(5.06 %)
7,424,674
(44.80 %)
110,631
(4.07 %)
155 leatherback sea turtle (v2 alternate hap 2020)
GCA_009762595.2
n/a 11,035
(1.05 %)
16,064
(1.50 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
7
(0.00 %)
9,006
(100.00 %)
2,685,200
(47.08 %)
208,060
(1.19 %)
7,184,246
(33.31 %)
25,133
(1.42 %)
156 leatherback sea turtle (v4 primary hap 2021 refseq)
GCF_009764565.3
73,318
(3.97 %)
14,610
(1.03 %)
16,358
(1.45 %)
n/a 43.35
(99.74 %)
668
(0.26 %)
40
(100.00 %)
1,694,449
(14.90 %)
304,773
(1.14 %)
11,121,962
(34.21 %)
35,485
(1.36 %)
157 leopard gecko (TG4126 2023)
GCF_028583425.1
37,120
(2.89 %)
14,358
(0.93 %)
23,080
(1.92 %)
n/a 44.06
(100.00 %)
62
(0.00 %)
76
(100.00 %)
969,188
(4.21 %)
557,245
(2.88 %)
11,096,222
(37.91 %)
82,956
(2.56 %)
158 lesser devil ray (2024)
GCF_963921235.1
49,601
(2.40 %)
12,335
(0.44 %)
22,690
(1.20 %)
n/a 42.91
(100.00 %)
697
(0.00 %)
200
(100.00 %)
7,453,775
(54.11 %)
677,453
(5.15 %)
18,943,414
(51.98 %)
87,750
(1.43 %)
159 Lilford's wall lizard (2023)
GCA_947686815.1
n/a 14,239
(1.41 %)
19,740
(2.33 %)
n/a 43.80
(99.98 %)
2,346
(0.02 %)
2,149
(100.00 %)
830,790
(4.33 %)
445,450
(2.12 %)
7,171,057
(36.69 %)
86,200
(2.56 %)
160 little skate (New England 2023)
GCF_028641065.1
40,008
(3.35 %)
11,836
(0.67 %)
25,770
(1.80 %)
n/a 44.13
(100.00 %)
862
(0.00 %)
1,769
(100.00 %)
8,221,960
(66.45 %)
1,044,111
(3.71 %)
10,050,264
(53.79 %)
205,567
(4.36 %)
161 lizards B.pumilum (Western Cape Province JTBG20231 2024)
GCA_035047305.1
n/a 13,670
(0.79 %)
19,028
(1.31 %)
n/a 45.00
(100.00 %)
18
(0.00 %)
39
(100.00 %)
1,040,467
(4.86 %)
924,221
(6.37 %)
9,015,048
(56.81 %)
248,142
(10.84 %)
162 lizards D.cf. smithi (hap1 2024)
GCA_046126795.1
n/a 14,308
(0.91 %)
19,761
(1.58 %)
n/a 45.95
(100.00 %)
274
(0.00 %)
329
(100.00 %)
1,376,454
(8.31 %)
744,560
(3.94 %)
11,383,198
(44.04 %)
208,005
(7.18 %)
163 lizards D.cf. smithi (hap2 2024)
GCA_046126825.1
n/a 12,359
(0.99 %)
16,644
(1.66 %)
n/a 45.69
(100.00 %)
197
(0.00 %)
726
(100.00 %)
1,109,222
(8.21 %)
607,835
(4.09 %)
9,080,052
(42.56 %)
158,727
(6.84 %)
164 lizards F.pardalis (Fpa_1 2023)
GCA_030440675.1
n/a 13,625
(1.22 %)
18,049
(1.96 %)
n/a 41.96
(100.00 %)
12
(0.00 %)
23
(100.00 %)
833,693
(2.81 %)
607,040
(2.82 %)
7,939,139
(42.05 %)
52,987
(2.59 %)
165 lizards P.bocagei (rPodBoc1.hap1.1 2024)
GCA_964188305.1
n/a 14,091
(1.26 %)
20,552
(2.20 %)
n/a 44.36
(99.99 %)
1,005
(0.01 %)
509
(100.00 %)
932,842
(5.02 %)
555,337
(4.34 %)
6,595,536
(41.39 %)
119,467
(4.32 %)
166 lizards P.bocagei (rPodBoc1.hap2.1 2024)
GCA_964188325.1
n/a 13,653
(1.34 %)
19,764
(2.32 %)
n/a 44.23
(99.99 %)
817
(0.01 %)
1,444
(99.99 %)
857,503
(4.68 %)
507,819
(4.16 %)
6,632,822
(39.41 %)
103,858
(4.10 %)
167 lizards P.erhardii (rPodErh1.hap1.1 2024)
GCA_964252035.1
n/a 13,858
(1.33 %)
19,727
(2.31 %)
n/a 43.80
(99.99 %)
836
(0.01 %)
326
(100.00 %)
885,596
(4.43 %)
527,127
(3.30 %)
7,008,185
(38.56 %)
89,737
(2.87 %)
168 lizards P.erhardii (rPodErh1.hap2.1 2024)
GCA_964251985.1
n/a 13,817
(1.35 %)
21,024
(2.50 %)
n/a 43.77
(99.99 %)
811
(0.01 %)
1,458
(99.99 %)
890,080
(4.42 %)
526,749
(3.38 %)
7,001,691
(37.94 %)
89,526
(2.96 %)
169 lizards P.melisellensis (rPodMel1.hap1.1 2024)
GCA_964234715.1
n/a 14,289
(1.31 %)
20,112
(2.23 %)
n/a 44.03
(99.99 %)
823
(0.01 %)
387
(100.00 %)
830,352
(7.87 %)
552,452
(8.32 %)
6,838,068
(40.20 %)
90,074
(2.82 %)
170 lizards P.melisellensis (rPodMel1.hap2.1 2024)
GCA_964234825.1
n/a 13,759
(1.39 %)
19,452
(2.34 %)
n/a 43.90
(99.99 %)
754
(0.01 %)
954
(99.99 %)
768,595
(5.31 %)
448,816
(5.54 %)
6,722,284
(37.88 %)
82,575
(2.83 %)
171 lizards P.pityusensis (rPodPit1.hap1.2 2024)
GCA_964106645.2
n/a 14,314
(1.36 %)
20,522
(2.35 %)
n/a 43.98
(99.98 %)
1,506
(0.02 %)
337
(100.00 %)
858,648
(4.22 %)
473,134
(2.71 %)
7,061,380
(38.21 %)
96,600
(3.21 %)
172 lizards P.pityusensis (rPodPit1.hap2.2 2024)
GCA_964106635.2
n/a 13,828
(1.41 %)
19,048
(2.34 %)
n/a 43.89
(99.98 %)
1,365
(0.02 %)
1,548
(99.98 %)
803,451
(4.16 %)
440,340
(2.30 %)
6,774,254
(37.14 %)
89,229
(3.04 %)
173 lizards B.pumilum (Western Cape Province hap1 2025)
GCA_047715975.1
n/a 13,605
(0.80 %)
18,928
(1.32 %)
n/a 44.97
(100.00 %)
109
(0.00 %)
73
(100.00 %)
1,038,607
(4.70 %)
891,233
(5.94 %)
9,004,935
(56.47 %)
245,845
(10.83 %)
174 lizards B.pumilum (Western Cape Province hap2 2025)
GCA_047715955.1
n/a 13,631
(0.79 %)
18,935
(1.32 %)
n/a 44.98
(100.00 %)
120
(0.00 %)
82
(100.00 %)
1,037,146
(4.72 %)
933,676
(6.26 %)
9,009,528
(56.65 %)
246,553
(10.79 %)
175 lizards P.vaucheri (hap1.1 2025)
GCA_965113315.1
n/a 14,329
(1.28 %)
20,152
(2.19 %)
n/a 44.23
(99.99 %)
949
(0.01 %)
285
(100.00 %)
893,567
(5.89 %)
524,077
(6.62 %)
7,052,308
(41.37 %)
109,507
(3.61 %)
176 lizards P.vaucheri (hap2.1 2025)
GCA_965113305.1
n/a 13,794
(1.32 %)
19,189
(2.22 %)
n/a 44.16
(99.99 %)
852
(0.01 %)
151
(100.00 %)
841,282
(5.59 %)
483,392
(6.01 %)
6,750,191
(40.39 %)
101,153
(3.51 %)
177 lizards T.scincoides (rTilSci1hap2 2024)
GCF_035046505.1
33,280
(3.42 %)
13,266
(1.21 %)
16,752
(1.98 %)
n/a 44.73
(100.00 %)
372
(0.00 %)
350
(100.00 %)
782,672
(6.46 %)
434,795
(2.20 %)
7,788,697
(37.04 %)
28,089
(0.98 %)
178 loggerhead turtle (SJ_126:Eziel1 2022)
GCF_023653815.1
61,631
(3.99 %)
14,678
(1.05 %)
17,405
(1.52 %)
42,180
(2.89 %)
44.04
(99.90 %)
745
(0.10 %)
2,008
(100.00 %)
1,279,721
(12.58 %)
319,729
(1.29 %)
10,705,612
(33.91 %)
49,015
(1.39 %)
179 loggerhead turtle (hap1 2025)
GCA_965140235.1
n/a 14,764
(1.02 %)
17,699
(1.53 %)
n/a 44.12
(99.97 %)
61
(0.03 %)
97
(99.97 %)
1,308,886
(12.45 %)
334,985
(1.41 %)
10,765,956
(34.66 %)
54,290
(1.49 %)
180 loggerhead turtle (hap2 2025)
GCA_965140275.1
n/a 14,889
(1.04 %)
17,867
(1.54 %)
n/a 44.11
(99.97 %)
52
(0.03 %)
85
(99.97 %)
1,300,553
(12.44 %)
332,623
(1.45 %)
10,721,628
(34.40 %)
53,746
(1.50 %)
181 mainland tiger snake
GCF_900518725.1
34,251
(3.18 %)
13,445
(1.15 %)
23,410
(1.90 %)
n/a 39.72
(95.17 %)
79,478
(4.84 %)
52,414
(100.00 %)
1,081,503
(6.00 %)
711,408
(2.47 %)
8,047,065
(40.24 %)
61,669
(2.47 %)
182 many-banded krait (BM01 2022)
GCA_023653725.1
n/a 13,269
(1.19 %)
18,533
(1.94 %)
n/a 39.87
(99.25 %)
1,631
(0.75 %)
448
(100.00 %)
1,104,569
(6.42 %)
703,174
(3.07 %)
8,451,422
(40.97 %)
65,260
(2.74 %)
183 marbled whiptail (SIMRID8450 2020)
GCA_014337955.1
n/a 13,646
(1.27 %)
18,378
(2.09 %)
n/a 42.67
(94.37 %)
166,840
(5.67 %)
3,826
(100.00 %)
809,278
(4.31 %)
439,020
(1.66 %)
8,665,254
(33.02 %)
41,638
(1.70 %)
184 meadow viper (alternate hap 2022)
GCA_947247025.1
n/a 10,549
(1.13 %)
20,171
(2.08 %)
n/a 41.02
(100.00 %)
12
(0.00 %)
9,587
(100.00 %)
889,533
(7.84 %)
565,831
(6.37 %)
5,968,624
(41.74 %)
73,632
(3.80 %)
185 meadow viper (primary hap 2022)
GCA_947247035.1
n/a 13,282
(1.16 %)
18,653
(1.90 %)
n/a 40.93
(99.98 %)
1,819
(0.02 %)
384
(100.00 %)
1,187,501
(7.72 %)
762,639
(6.28 %)
7,428,147
(45.35 %)
101,007
(3.95 %)
186 Mexican burrowing toad (hap1 2024)
GCA_037306005.1
n/a 14,442
(0.44 %)
24,630
(1.28 %)
n/a 41.94
(99.99 %)
2,032
(0.01 %)
464
(100.00 %)
1,928,361
(2.22 %)
2,955,095
(11.97 %)
25,178,773
(53.55 %)
165,699
(1.23 %)
187 Mexican burrowing toad (hap2 2024)
GCA_037306015.1
n/a 13,824
(0.44 %)
23,296
(1.27 %)
n/a 41.86
(99.99 %)
2,009
(0.01 %)
656
(100.00 %)
1,860,053
(2.17 %)
2,751,941
(10.76 %)
24,252,866
(53.00 %)
157,012
(1.21 %)
188 Mexican gopher tortoise (WGS:JAMKFC01 2022)
GCF_025201925.1
62,007
(3.15 %)
14,883
(0.96 %)
18,524
(1.48 %)
n/a 44.69
(96.36 %)
1,866
(3.64 %)
621
(100.00 %)
1,372,189
(11.32 %)
472,501
(3.42 %)
11,362,604
(34.69 %)
73,700
(2.04 %)
189 Mexican gopher tortoise (WGS:JAMKFD01 2022)
GCA_025201965.1
n/a 15,425
(0.94 %)
20,005
(1.48 %)
n/a 44.46
(95.51 %)
1,790
(4.49 %)
4,782
(95.51 %)
1,404,726
(11.28 %)
453,302
(2.47 %)
11,996,092
(34.08 %)
77,167
(2.14 %)
190 mimic poison frog (primary hap 2023 genbank)
GCA_032444005.1
n/a 14,957
(0.34 %)
n/a n/a 44.95
(100.00 %)
765
(0.00 %)
1,686
(100.00 %)
1,716,760
(1.89 %)
4,088,695
(23.45 %)
2,437
(100.00 %)
n/a
191 mimic poison frog (primary hap 2023 refseq)
GCF_032444005.1
53,268
(1.27 %)
14,955
(0.34 %)
42,108
(1.16 %)
n/a 44.95
(100.00 %)
765
(0.00 %)
1,672
(100.00 %)
1,716,755
(1.89 %)
4,088,682
(23.45 %)
2,436
(100.00 %)
694,865
(6.34 %)
192 Mississippi paddlefish
GCF_017654505.1
66,226
(6.17 %)
21,806
(1.85 %)
31,525
(3.80 %)
n/a 39.02
(99.89 %)
2,963
(0.11 %)
7,192
(99.89 %)
1,126,936
(3.66 %)
877,525
(6.33 %)
9,039,918
(36.85 %)
29,954
(1.06 %)
193 Murray river turtle (Brisbane River MOO-44397 2024)
GCF_026122565.2
48,414
(3.72 %)
14,988
(1.18 %)
20,316
(1.85 %)
n/a 43.01
(100.00 %)
n/a 3,735
(100.00 %)
1,108,636
(10.97 %)
229,329
(1.01 %)
11,088,528
(25.43 %)
49,188
(1.67 %)
194 Northern rubber boa (HBS 135849 alternate hap 2022)
GCA_023362785.1
n/a 12,816
(1.09 %)
18,099
(1.83 %)
n/a 41.86
(100.00 %)
84
(0.00 %)
224
(100.00 %)
1,081,107
(4.01 %)
728,703
(4.64 %)
6,961,724
(42.46 %)
128,617
(3.90 %)
195 Northern rubber boa (HBS 135849 primary hap 2022)
GCA_023362775.1
n/a 13,531
(1.08 %)
18,971
(1.81 %)
n/a 41.83
(100.00 %)
85
(0.00 %)
289
(100.00 %)
1,138,891
(3.99 %)
798,941
(5.00 %)
7,476,142
(42.85 %)
135,874
(3.88 %)
196 Northwestern pond turtle (WTP2003 alternate hap 2022)
GCA_022086895.1
n/a 14,212
(1.00 %)
20,203
(1.65 %)
n/a 44.72
(99.99 %)
1,800
(0.01 %)
2,508
(100.00 %)
4,246,095
(48.91 %)
442,393
(1.88 %)
10,453,096
(35.71 %)
134,572
(3.12 %)
197 Northwestern pond turtle (WTP2003 primary hap 2022)
GCA_022086475.1
n/a 14,862
(1.02 %)
19,830
(1.62 %)
n/a 44.76
(100.00 %)
148
(0.00 %)
48
(100.00 %)
4,413,681
(48.88 %)
459,701
(1.92 %)
11,014,102
(35.89 %)
141,800
(3.08 %)
198 olive python (hap1 2023)
GCA_030867105.1
n/a 13,448
(1.31 %)
17,745
(2.07 %)
n/a 40.20
(99.98 %)
73
(0.02 %)
116
(99.98 %)
741,052
(2.98 %)
411,477
(3.31 %)
7,668,994
(30.14 %)
34,560
(2.18 %)
199 olive python (hap2 2023)
GCA_030867085.1
n/a 13,421
(1.31 %)
17,659
(2.08 %)
n/a 40.15
(99.66 %)
93
(0.34 %)
158
(99.66 %)
733,358
(2.95 %)
403,552
(3.04 %)
7,746,871
(29.97 %)
34,363
(2.08 %)
200 Pacific lamprey (Columbia River large-bodied, stream-maturing ecotype CRITFC18_GStd-0006 2020)
GCA_014621495.2
n/a 6,827
(0.82 %)
38,010
(4.29 %)
n/a 48.07
(86.05 %)
63,604
(13.95 %)
141,124
(100.00 %)
2,948,140
(52.71 %)
971,264
(7.81 %)
4,836,103
(36.27 %)
186,153
(29.43 %)
201 Pacific ridley (hap1 2025)
GCA_965140295.1
n/a 14,698
(1.03 %)
17,429
(1.50 %)
n/a 44.13
(99.98 %)
69
(0.02 %)
44
(100.00 %)
1,340,389
(12.41 %)
313,433
(2.43 %)
10,832,333
(34.73 %)
47,256
(1.42 %)
202 Pacific ridley (hap2 2025)
GCA_965140255.1
n/a 14,883
(1.03 %)
17,736
(1.52 %)
n/a 44.14
(99.96 %)
76
(0.04 %)
115
(99.96 %)
1,337,786
(12.39 %)
317,205
(2.38 %)
10,851,496
(34.73 %)
47,955
(1.47 %)
203 painted frog (alternate hap 2022)
GCA_027410455.1
n/a 7,223
(0.52 %)
11,927
(1.11 %)
n/a 38.96
(100.00 %)
76
(0.00 %)
4,081
(100.00 %)
988,792
(3.99 %)
1,766,202
(10.24 %)
9,974,001
(52.99 %)
64,462
(1.33 %)
204 painted frog (primary hap 2022)
GCA_027410445.1
n/a 14,522
(0.54 %)
21,861
(1.14 %)
n/a 39.52
(98.39 %)
3,681
(1.61 %)
1,318
(100.00 %)
1,928,844
(4.34 %)
3,684,477
(13.44 %)
19,091,818
(55.21 %)
127,760
(1.34 %)
205 palmate newt (primary hap 2024)
GCA_964261635.1
n/a 17,611
(0.09 %)
227,382
(1.73 %)
n/a 45.09
(100.00 %)
5,245
(0.00 %)
448
(100.00 %)
4,668,195
(1.49 %)
9,253,372
(10.94 %)
5,693
(100.00 %)
2,493,727
(7.98 %)
206 Papuan ground boa (hap1 2024)
GCA_035125265.1
n/a 13,365
(1.26 %)
17,388
(1.98 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
99
(0.00 %)
279
(100.00 %)
726,428
(2.81 %)
331,756
(2.05 %)
7,184,711
(33.57 %)
51,973
(2.70 %)
207 Papuan ground boa (hap2 2024 genbank)
GCA_035149785.1
n/a 13,390
(1.26 %)
17,496
(1.99 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
101
(0.00 %)
150
(100.00 %)
728,574
(2.82 %)
348,605
(2.13 %)
7,199,124
(33.55 %)
51,807
(2.69 %)
208 Papuan ground boa (hap2 2024 refseq)
GCF_035149785.1
31,826
(3.55 %)
13,389
(1.26 %)
17,495
(1.99 %)
n/a 41.07
(100.00 %)
101
(0.00 %)
149
(100.00 %)
728,567
(2.82 %)
348,603
(2.13 %)
7,199,026
(33.55 %)
51,807
(2.69 %)
209 Peter's clawed frog (aXenPet1 2024)
GCA_038501915.1
n/a 21,977
(1.55 %)
31,925
(2.52 %)
n/a 39.40
(99.99 %)
1,072
(0.01 %)
1,183
(100.00 %)
825,817
(1.86 %)
1,047,172
(7.89 %)
12,996,911
(44.48 %)
99,118
(1.26 %)
210 Peter's clawed frog (aXenPet1 2024)
GCA_038501925.1
n/a 23,766
(1.52 %)
34,093
(2.42 %)
n/a 39.52
(100.00 %)
500
(0.00 %)
897
(100.00 %)
919,152
(1.89 %)
1,157,711
(8.01 %)
14,217,996
(45.44 %)
108,139
(1.26 %)
211 pitted-shelled turtle (YL-2023 2023)
GCA_033958435.1
n/a 14,675
(1.05 %)
16,697
(1.47 %)
n/a 45.55
(100.00 %)
12
(0.00 %)
134
(100.00 %)
3,772,260
(47.94 %)
322,081
(1.52 %)
11,123,166
(34.14 %)
129,645
(3.29 %)
212 plains spadefoot toad (alternate hap 2022)
GCA_027382365.2
n/a 10,906
(1.98 %)
19,820
(4.33 %)
n/a 40.04
(100.00 %)
n/a 1,516
(100.00 %)
390,896
(3.25 %)
482,493
(7.83 %)
4,361,670
(34.36 %)
52,508
(3.70 %)
213 plains spadefoot toad (primary hap 2022)
GCF_027358695.1
41,009
(4.67 %)
13,912
(2.00 %)
25,745
(4.50 %)
n/a 40.45
(99.61 %)
102
(0.39 %)
17
(100.00 %)
497,976
(3.84 %)
645,915
(10.08 %)
5,232,342
(36.26 %)
72,598
(4.35 %)
214 pool frog (hap1 2025)
GCA_965119305.1
n/a 14,446
(0.34 %)
39,585
(1.24 %)
n/a 43.75
(99.99 %)
3,044
(0.01 %)
1,361
(100.00 %)
2,734,844
(2.59 %)
3,759,979
(13.10 %)
24,289,849
(60.22 %)
558,423
(4.11 %)
215 pool frog (hap2 2025)
GCA_965119315.1
n/a 14,335
(0.34 %)
39,545
(1.24 %)
n/a 43.73
(99.99 %)
2,703
(0.01 %)
3,680
(99.99 %)
2,706,037
(2.56 %)
3,712,706
(12.97 %)
23,911,913
(60.10 %)
553,381
(4.05 %)
216 prickly gecko (False Entrance Well CCM8104 2023)
GCF_032191835.1
35,366
(2.07 %)
14,394
(0.79 %)
23,371
(1.60 %)
n/a 44.78
(99.99 %)
1,608
(0.01 %)
661
(100.00 %)
1,995,033
(8.75 %)
823,022
(6.51 %)
12,116,860
(46.84 %)
117,191
(3.14 %)
217 Puerto Rican coqui (hap1 2024 refseq)
GCF_035609145.1
44,598
(2.13 %)
13,879
(0.57 %)
31,890
(1.61 %)
n/a 44.91
(100.00 %)
659
(0.00 %)
956
(100.00 %)
1,044,176
(1.98 %)
1,442,184
(16.51 %)
14,710,122
(54.00 %)
501,931
(8.81 %)
218 Puerto Rican coqui (hap2 2024)
GCA_035609135.1
n/a 13,892
(0.57 %)
32,011
(1.64 %)
n/a 44.93
(100.00 %)
685
(0.00 %)
843
(100.00 %)
1,042,636
(2.00 %)
1,430,690
(16.22 %)
14,621,029
(53.91 %)
503,166
(8.84 %)
219 red-eared slider turtle
GCF_013100865.1
47,272
(3.27 %)
13,909
(1.05 %)
16,674
(1.54 %)
n/a 43.81
(96.14 %)
25,390
(3.86 %)
138
(100.00 %)
1,686,633
(15.06 %)
271,837
(0.81 %)
10,802,900
(30.74 %)
93,811
(1.90 %)
220 reedfish (v3 alternate hap 2021)
GCA_900700845.3
n/a 11,382
(0.41 %)
28,399
(1.33 %)
n/a 39.39
(99.99 %)
17
(0.01 %)
17,099
(99.99 %)
6,708,926
(37.23 %)
883,916
(2.81 %)
16,745,782
(46.94 %)
74,951
(1.15 %)
221 Reeves's turtle
GCF_016161935.1
86,238
(3.40 %)
15,165
(0.98 %)
21,405
(1.66 %)
n/a 44.98
(100.00 %)
398
(0.00 %)
230
(100.00 %)
1,854,279
(14.68 %)
448,403
(2.11 %)
11,329,581
(34.64 %)
119,002
(2.82 %)
222 Riggenbach's reed frog (aHypRig1 alternate hap 2024)
GCA_040937895.1
n/a 26,401
(0.36 %)
90,909
(1.63 %)
n/a 44.93
(100.00 %)
19
(0.00 %)
14,096
(100.00 %)
4,036,529
(2.70 %)
6,299,339
(18.78 %)
14,096
(100.00 %)
1,426,030
(6.65 %)
223 Riggenbach's reed frog (aHypRig1 primary hap 2024)
GCF_040937935.1
62,635
(1.63 %)
14,072
(0.39 %)
44,953
(1.74 %)
n/a 44.98
(99.99 %)
3,039
(0.01 %)
477
(100.00 %)
2,058,700
(2.53 %)
3,206,511
(15.84 %)
20,407,989
(60.26 %)
741,520
(6.10 %)
224 Ringneck snake (HBS135679 primary hap 2022)
GCA_023053685.1
n/a 13,357
(1.06 %)
20,426
(1.94 %)
n/a 41.20
(100.00 %)
723
(0.00 %)
444
(100.00 %)
1,451,537
(9.36 %)
1,095,484
(10.35 %)
7,870,309
(48.66 %)
142,495
(4.04 %)
225 royal ground snake (hap1 2023 refseq)
GCF_031021105.1
45,143
(3.26 %)
13,488
(0.98 %)
20,353
(1.68 %)
n/a 41.25
(99.99 %)
1,391
(0.01 %)
400
(100.00 %)
6,118,914
(59.42 %)
1,698,731
(7.29 %)
9,084,283
(53.44 %)
130,852
(4.47 %)
226 royal ground snake (hap2 2023)
GCA_031021085.1
n/a 13,845
(0.96 %)
23,108
(1.86 %)
n/a 41.26
(100.00 %)
n/a 1,128
(100.00 %)
2,008,682
(10.16 %)
1,718,408
(7.36 %)
9,467,451
(52.99 %)
140,557
(4.65 %)
227 royal ground snake (hap3 2023)
GCA_031001685.1
n/a 12,606
(0.83 %)
22,421
(1.62 %)
n/a 41.63
(100.00 %)
n/a 3,543
(100.00 %)
2,080,172
(11.19 %)
1,814,619
(9.22 %)
8,889,119
(57.36 %)
145,328
(4.63 %)
228 rufous frog (hap1 2023)
GCA_031893025.1
n/a 13,727
(0.84 %)
24,896
(2.06 %)
n/a 42.95
(99.51 %)
973
(0.49 %)
2,266
(100.00 %)
729,332
(2.15 %)
1,402,564
(24.45 %)
8,156,596
(55.96 %)
175,180
(3.64 %)
229 rufous frog (hap2 2023)
GCA_031893055.1
n/a 13,538
(0.88 %)
24,311
(2.15 %)
n/a 42.96
(99.07 %)
976
(0.93 %)
1,266
(100.00 %)
711,895
(2.18 %)
1,219,160
(21.56 %)
7,988,458
(54.14 %)
170,920
(3.48 %)
230 San Diegan legless lizard (HBS135921 alternate hap 2023)
GCA_029215795.1
n/a 14,039
(1.09 %)
19,528
(1.85 %)
n/a 43.71
(100.00 %)
31
(0.00 %)
122
(100.00 %)
1,307,065
(5.31 %)
672,219
(3.50 %)
9,949,858
(39.30 %)
83,890
(3.97 %)
231 San Diegan legless lizard (HBS135921 primary hap 2023)
GCA_029215775.1
n/a 14,065
(1.09 %)
19,430
(1.84 %)
n/a 43.71
(100.00 %)
21
(0.00 %)
155
(100.00 %)
1,307,771
(5.32 %)
672,054
(3.42 %)
9,846,806
(39.03 %)
83,805
(3.99 %)
232 San Diegan tiger whiptail (alternate hap HBS 135688 2022)
GCA_023333555.1
n/a 13,288
(1.15 %)
18,137
(1.98 %)
n/a 43.29
(100.00 %)
44
(0.00 %)
227
(100.00 %)
909,096
(6.37 %)
544,302
(5.70 %)
8,280,652
(39.20 %)
51,923
(2.21 %)
233 San Diegan tiger whiptail (v1.1 HBS 135688 primary hap 2025)
GCA_023333525.2
n/a 13,255
(1.15 %)
17,876
(1.96 %)
n/a 43.28
(100.00 %)
110
(0.00 %)
186
(100.00 %)
907,854
(6.31 %)
539,629
(5.57 %)
8,277,961
(39.11 %)
51,910
(2.22 %)
234 San Diego alligator lizard (HBS135686 alternate hap 2022)
GCA_023053675.1
n/a 14,107
(1.14 %)
19,600
(1.95 %)
n/a 43.58
(100.00 %)
27
(0.00 %)
627
(100.00 %)
1,563,836
(7.79 %)
758,521
(4.15 %)
9,213,810
(40.44 %)
81,126
(2.79 %)
235 San Diego alligator lizard (v1.0 HBS135686 primary hap 2022)
GCA_023053635.1
n/a 14,075
(1.15 %)
19,587
(1.99 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
23
(0.00 %)
85
(100.00 %)
1,577,744
(7.81 %)
774,690
(3.78 %)
9,248,062
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
236 San Diego alligator lizard (v1.1 HBS135686 primary hap 2024 genbank)
GCA_023053635.2
n/a 14,093
(1.15 %)
19,338
(1.96 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
73
(0.00 %)
35
(100.00 %)
1,577,751
(7.81 %)
774,117
(3.78 %)
9,248,069
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
237 San Diego alligator lizard (v1.1 HBS135686 primary hap 2024 refseq)
GCF_023053635.1
33,415
(3.07 %)
14,091
(1.15 %)
19,337
(1.96 %)
n/a 43.52
(100.00 %)
73
(0.00 %)
34
(100.00 %)
1,577,747
(7.81 %)
774,112
(3.78 %)
9,248,016
(40.42 %)
80,183
(2.48 %)
238 San Diego ringneck snake (HBS135679 alternate hap 2022)
GCA_023053665.1
n/a 10,911
(1.00 %)
17,586
(1.79 %)
n/a 41.17
(100.00 %)
572
(0.00 %)
2,064
(100.00 %)
1,265,045
(10.30 %)
989,149
(13.38 %)
6,503,035
(50.62 %)
123,274
(4.17 %)
239 sand lizard (alternate hap 2019)
GCA_009819545.1
n/a 14,226
(1.28 %)
25,396
(2.33 %)
n/a 43.80
(100.00 %)
2
(0.00 %)
12,662
(100.00 %)
1,001,433
(5.27 %)
445,157
(1.79 %)
7,227,826
(34.26 %)
80,300
(2.76 %)
240 sand lizard (primary hap 2019)
GCF_009819535.1
41,701
(3.64 %)
14,350
(1.48 %)
19,231
(2.45 %)
32,804
(4.14 %)
43.75
(99.75 %)
379
(0.25 %)
29
(100.00 %)
975,474
(5.32 %)
425,414
(1.76 %)
7,135,165
(34.49 %)
76,053
(2.68 %)
241 Sardinian treefrog (hap1 2023 refseq)
GCF_029499605.1
108,406
(1.98 %)
13,959
(0.46 %)
n/a n/a 43.90
(99.99 %)
2,297
(0.01 %)
3,474
(100.00 %)
1,903,654
(2.85 %)
2,970,691
(16.56 %)
15,354,577
(64.31 %)
652,708
(8.36 %)
242 Sardinian treefrog (hap2 2023)
GCA_029493135.1
n/a 14,077
(0.47 %)
36,608
(1.60 %)
n/a 43.86
(99.99 %)
2,097
(0.01 %)
2,802
(100.00 %)
1,819,971
(2.73 %)
2,865,173
(16.12 %)
15,335,602
(63.85 %)
651,438
(8.09 %)
243 Schlegel's Japanese gecko
GCF_001447785.1
25,177
(1.78 %)
14,549
(0.82 %)
28,002
(1.69 %)
n/a 45.48
(96.46 %)
143,970
(3.54 %)
335,470
(96.46 %)
889,760
(2.21 %)
666,492
(2.83 %)
12,865,811
(39.14 %)
160,022
(2.80 %)
244 sea lamprey (alternate hap 2020)
GCA_010993595.1
n/a 6,180
(0.71 %)
31,191
(4.14 %)
n/a 48.30
(100.00 %)
11
(0.00 %)
4,064
(100.00 %)
1,494,745
(38.42 %)
891,392
(20.02 %)
4,259,383
(49.70 %)
147,499
(35.87 %)
245 sea lamprey (primary hap 2020)
GCF_010993605.1
41,241
(6.50 %)
7,638
(0.70 %)
36,336
(4.06 %)
83,714
(10.03 %)
48.31
(98.62 %)
930
(1.38 %)
1,434
(100.00 %)
1,920,851
(39.36 %)
1,194,165
(21.47 %)
5,320,620
(50.50 %)
178,590
(35.88 %)
246 sharpnose sevengill shark (hap1 2024 genbank)
GCF_035084215.1
51,418
(2.53 %)
12,778
(0.49 %)
24,541
(1.38 %)
n/a 44.37
(99.99 %)
1,834
(0.01 %)
1,879
(100.00 %)
597,115
(2.28 %)
1,112,121
(17.97 %)
12,108,003
(57.48 %)
117,585
(3.42 %)
247 sharpnose sevengill shark (hap1 2024 refseq)
GCA_035084215.1
n/a 12,780
(0.49 %)
24,543
(1.38 %)
n/a 44.37
(99.99 %)
1,834
(0.01 %)
1,880
(100.00 %)
597,122
(2.28 %)
1,112,137
(17.97 %)
12,108,056
(57.48 %)
117,585
(3.42 %)
248 sharpnose sevengill shark (hap2 2024)
GCA_035084135.1
n/a 12,603
(0.52 %)
23,419
(1.42 %)
n/a 44.36
(99.99 %)
1,695
(0.01 %)
2,889
(99.99 %)
559,171
(2.08 %)
973,228
(15.01 %)
11,768,442
(55.69 %)
108,468
(3.25 %)
249 Shaw's sea snake (ss_UAE728 2024)
GCA_037043045.1
n/a 13,255
(0.98 %)
17,598
(1.51 %)
n/a 40.56
(99.93 %)
641
(0.07 %)
1,450
(99.93 %)
1,165,384
(5.77 %)
720,981
(3.46 %)
8,068,978
(51.52 %)
120,786
(6.16 %)
250 Skyros wall lizard (rPodGai1.hap2.1 2024)
GCA_964106785.1
n/a 13,756
(1.40 %)
19,148
(2.33 %)
n/a 43.77
(99.99 %)
783
(0.01 %)
127
(100.00 %)
790,266
(3.86 %)
448,558
(4.00 %)
6,780,108
(37.51 %)
86,165
(2.71 %)
251 Skyros wall lizard (v1 hap1 2024)
GCA_964106915.1
n/a 14,245
(1.36 %)
19,892
(2.29 %)
n/a 43.82
(99.99 %)
883
(0.01 %)
211
(100.00 %)
838,357
(3.88 %)
479,922
(4.42 %)
7,039,963
(38.21 %)
93,005
(2.80 %)
252 Skyros wall lizard (v2 hap1 2024)
GCA_964106915.2
n/a 14,245
(1.36 %)
19,892
(2.29 %)
n/a 43.82
(99.99 %)
883
(0.01 %)
211
(100.00 %)
838,357
(3.88 %)
479,922
(4.42 %)
7,039,963
(38.21 %)
93,005
(2.80 %)
253 smaller spotted catshark (alternate hap 2021)
GCA_902713625.2
n/a 11,589
(0.31 %)
32,603
(1.10 %)
n/a 47.54
(100.00 %)
6
(0.00 %)
26,655
(100.00 %)
1,346,532
(1.83 %)
1,273,326
(5.35 %)
19,727,443
(51.55 %)
427,693
(8.25 %)
254 smaller spotted catshark (v1.2 primary hap 2021 genbank)
GCA_902713615.2
n/a 12,587
(0.36 %)
23,986
(1.08 %)
n/a 47.65
(98.48 %)
7,146
(1.52 %)
645
(100.00 %)
1,451,634
(1.94 %)
1,448,619
(6.25 %)
20,884,741
(51.41 %)
456,658
(8.18 %)
255 smalltooth sawfish (alternate hap 2019)
GCA_009764485.1
n/a 9,086
(0.58 %)
20,468
(1.57 %)
n/a 42.65
(100.00 %)
n/a 10,892
(100.00 %)
315,695
(1.23 %)
320,148
(1.73 %)
8,305,059
(38.33 %)
37,147
(1.43 %)
256 smalltooth sawfish (v2.1 primary hap 2019 refseq)
GCF_009764475.1
40,257
(2.94 %)
12,157
(0.69 %)
18,627
(1.55 %)
n/a 42.38
(99.09 %)
698
(0.91 %)
172
(100.00 %)
4,824,261
(54.91 %)
391,531
(1.52 %)
11,282,260
(38.19 %)
45,398
(1.34 %)
257 snake N.helvetica (rNatHel1.hap1.1 2024)
GCA_964273705.1
n/a 13,534
(1.08 %)
19,681
(1.86 %)
n/a 41.70
(99.98 %)
2,010
(0.02 %)
494
(100.00 %)
1,264,981
(8.07 %)
885,992
(7.35 %)
8,475,795
(46.16 %)
117,174
(4.31 %)
258 snake N.helvetica (rNatHel1.hap2.1 2024)
GCA_964273795.1
n/a 11,975
(1.14 %)
16,941
(1.86 %)
n/a 41.42
(99.98 %)
1,674
(0.02 %)
2,176
(99.98 %)
1,088,721
(8.03 %)
743,110
(5.43 %)
7,446,281
(43.88 %)
96,764
(4.19 %)
259 Southern dwarf chameleon (Gauteng JTBG20232 2024)
GCA_035047345.1
n/a 13,671
(0.83 %)
18,931
(1.39 %)
n/a 44.53
(100.00 %)
22
(0.00 %)
135
(100.00 %)
1,004,404
(4.81 %)
870,596
(5.97 %)
9,017,362
(54.42 %)
217,977
(8.25 %)
260 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 alternate hap 2022)
GCA_024509165.1
n/a 13,381
(1.17 %)
19,541
(1.96 %)
n/a 39.82
(100.00 %)
34
(0.00 %)
340
(100.00 %)
1,137,408
(8.97 %)
740,163
(7.59 %)
7,520,676
(44.43 %)
47,268
(1.61 %)
261 Southern Pacific rattlesnake (HBS135844 primary hap 2022)
GCA_024509115.1
n/a 12,626
(1.16 %)
18,965
(1.95 %)
n/a 40.05
(99.99 %)
443
(0.01 %)
1,139
(99.99 %)
1,095,605
(9.34 %)
713,734
(8.45 %)
6,942,208
(44.93 %)
46,378
(2.04 %)
262 Southwestern pond turtle (HBS135687 alternate hap 2022)
GCA_023634275.1
n/a 14,998
(0.98 %)
20,146
(1.60 %)
n/a 44.84
(100.00 %)
64
(0.00 %)
324
(100.00 %)
1,562,785
(12.68 %)
484,638
(2.00 %)
11,089,433
(36.29 %)
143,601
(3.21 %)
263 Southwestern pond turtle (HBS135687 primary hap 2022)
GCA_023634205.1
n/a 14,971
(0.99 %)
19,756
(1.60 %)
n/a 44.77
(100.00 %)
53
(0.00 %)
106
(100.00 %)
1,545,155
(12.63 %)
465,697
(1.95 %)
11,181,681
(36.13 %)
142,383
(3.05 %)
264 spotted gar
GCF_000242695.1
45,681
(8.02 %)
13,054
(1.95 %)
46,362
(15.00 %)
n/a 39.59
(91.93 %)
43,276
(8.08 %)
45,199
(91.92 %)
203,614
(1.02 %)
123,247
(0.80 %)
5,837,321
(22.82 %)
38,507
(2.24 %)
265 spotted gar (fLepOcu1hap1 2024)
GCA_040954845.1
n/a 13,777
(1.63 %)
24,910
(4.29 %)
n/a 40.54
(100.00 %)
76
(0.00 %)
831
(100.00 %)
1,218,814
(33.09 %)
230,177
(10.66 %)
5,685,909
(34.46 %)
52,438
(3.69 %)
266 spotted gar (fLepOcu1hap2 2024)
GCF_040954835.1
64,638
(7.15 %)
13,839
(1.51 %)
23,965
(3.48 %)
n/a 40.66
(100.00 %)
95
(0.00 %)
816
(100.00 %)
1,319,033
(34.80 %)
245,717
(12.50 %)
5,536,919
(38.20 %)
57,935
(3.78 %)
267 spotted ratfish (hap1 2024)
GCA_035084065.1
n/a 10,920
(1.26 %)
14,403
(2.60 %)
n/a 43.46
(99.96 %)
2,088
(0.04 %)
1,042
(100.00 %)
3,325,883
(44.48 %)
604,780
(8.87 %)
5,926,808
(44.92 %)
64,249
(4.00 %)
268 spotted ratfish (hap2 2024)
GCA_035084275.1
n/a 10,694
(1.38 %)
13,221
(2.62 %)
n/a 42.85
(99.96 %)
1,952
(0.04 %)
532
(100.00 %)
3,108,151
(44.68 %)
498,592
(6.00 %)
5,634,132
(43.16 %)
50,785
(2.94 %)
269 starry smooth-hound (sMusAst1.hap1.1 2024)
GCA_964213995.1
n/a 12,755
(0.42 %)
23,706
(1.15 %)
n/a 45.69
(99.98 %)
3,590
(0.02 %)
5,314
(100.00 %)
1,153,000
(3.16 %)
1,250,073
(11.36 %)
14,207,513
(54.93 %)
114,313
(3.65 %)
270 starry smooth-hound (sMusAst1.hap2.1 2024)
GCA_964214025.1
n/a 12,414
(0.43 %)
22,037
(1.15 %)
n/a 45.49
(99.98 %)
3,505
(0.02 %)
7,908
(99.98 %)
1,083,980
(2.93 %)
1,065,586
(9.57 %)
13,986,241
(53.49 %)
105,379
(3.46 %)
271 sterlet (v2 Gen_M01 2020)
GCF_010645085.2
73,195
(5.77 %)
24,716
(1.77 %)
39,692
(3.97 %)
n/a 39.75
(99.93 %)
6,251
(0.07 %)
3,368
(100.00 %)
3,869,521
(43.26 %)
1,093,425
(6.82 %)
9,976,052
(39.33 %)
60,325
(1.97 %)
272 Suwannee snapping turtle (hap1 2023)
GCA_033296515.1
n/a 14,713
(1.06 %)
18,602
(1.60 %)
n/a 44.58
(100.00 %)
290
(0.00 %)
366
(100.00 %)
1,352,115
(12.17 %)
388,630
(1.94 %)
10,550,154
(33.42 %)
113,023
(3.09 %)
273 Suwannee snapping turtle (hap2 2023)
GCA_033349115.1
n/a 12,226
(1.01 %)
14,117
(1.42 %)
n/a 43.77
(100.00 %)
361
(0.00 %)
199
(100.00 %)
1,202,345
(11.93 %)
304,674
(1.45 %)
9,752,924
(32.81 %)
92,993
(2.75 %)
274 tailed frog (A.truei hap1 2024)
GCA_040206685.1
n/a 14,490
(0.54 %)
41,227
(1.77 %)
n/a 44.92
(99.97 %)
6,020
(0.03 %)
3,549
(100.00 %)
1,783,455
(4.78 %)
3,426,339
(20.31 %)
15,662,323
(55.70 %)
442,764
(6.61 %)
275 tailed frog (A.truei hap2 2024)
GCA_040206675.1
n/a 14,405
(0.55 %)
41,584
(1.88 %)
n/a 44.89
(99.97 %)
6,023
(0.03 %)
2,779
(100.00 %)
1,770,524
(4.86 %)
3,429,564
(18.94 %)
15,718,939
(55.22 %)
441,543
(6.61 %)
276 thorny skate (alternate hap CabotCenter1 2020)
GCA_010909745.1
n/a 5,885
(0.35 %)
24,457
(1.45 %)
n/a 44.61
(100.00 %)
3
(0.00 %)
21,995
(100.00 %)
553,415
(2.65 %)
761,469
(4.53 %)
6,043,769
(57.75 %)
159,552
(5.54 %)
277 thorny skate (v1.1 primary hap CabotCenter1 2020)
GCF_010909765.2
45,968
(2.40 %)
11,437
(0.60 %)
26,341
(1.72 %)
n/a 44.30
(92.54 %)
3,753
(7.46 %)
957
(100.00 %)
888,163
(2.58 %)
1,176,348
(3.79 %)
9,964,038
(52.25 %)
242,676
(4.73 %)
278 three-toed box turtle
GCF_002925995.2
35,807
(2.28 %)
16,429
(1.00 %)
26,460
(1.60 %)
33,673
(1.75 %)
44.26
(94.87 %)
53,635
(5.13 %)
48,497
(100.00 %)
2,007,347
(15.00 %)
351,871
(0.86 %)
12,385,245
(31.74 %)
138,405
(2.40 %)
279 tiger rattlesnake
GCF_016545835.1
58,085
(4.72 %)
13,597
(1.18 %)
20,553
(2.03 %)
n/a 39.88
(100.00 %)
n/a 4,228
(100.00 %)
1,142,521
(7.92 %)
739,406
(5.17 %)
7,749,366
(42.91 %)
45,588
(1.61 %)
280 tiny Cayenne caecilian (v2 2021)
GCA_901765095.2
n/a 14,569
(0.43 %)
30,498
(1.16 %)
n/a 44.01
(98.99 %)
2,452
(1.01 %)
1,081
(100.00 %)
1,894,383
(1.68 %)
1,670,443
(3.30 %)
22,207,143
(52.43 %)
414,828
(3.91 %)
281 tiny Cayenne caecilian (alternate hap 2019)
GCA_901765105.1
n/a 12,197
(0.36 %)
33,747
(1.15 %)
n/a 43.95
(100.00 %)
1
(0.00 %)
23,871
(100.00 %)
1,453,442
(1.57 %)
1,309,062
(3.23 %)
17,953,416
(52.19 %)
326,452
(3.86 %)
282 Townsend's dwarf sphaero (gecko TG3544 2022)
GCF_021028975.2
41,266
(3.35 %)
13,505
(1.05 %)
19,294
(1.78 %)
n/a 45.92
(99.99 %)
2,590
(0.01 %)
1,742
(100.00 %)
938,800
(8.81 %)
627,869
(5.78 %)
9,306,892
(38.57 %)
91,919
(2.91 %)
283 tropical clawed frog
GCF_000004195.4
50,557
(4.71 %)
14,679
(1.97 %)
20,138
(2.76 %)
52,028
(5.20 %)
40.73
(99.80 %)
684
(0.20 %)
167
(100.00 %)
2,289,618
(34.82 %)
708,472
(13.14 %)
6,816,377
(41.73 %)
52,647
(1.35 %)
284 Tungara frog (aEngPut4 maternal hap 2024 refseq)
GCF_040894005.1
55,552
(3.50 %)
13,678
(0.88 %)
29,722
(2.41 %)
n/a 43.19
(100.00 %)
436
(0.00 %)
936
(100.00 %)
734,279
(2.54 %)
1,217,326
(21.42 %)
8,925,807
(52.53 %)
211,590
(5.08 %)
285 Tungara frog (aEngPut4 paternal hap 2024)
GCA_040894015.1
n/a 13,192
(0.88 %)
29,242
(2.52 %)
n/a 43.08
(100.00 %)
507
(0.00 %)
819
(100.00 %)
736,700
(2.60 %)
1,165,044
(20.79 %)
8,671,642
(52.60 %)
207,553
(4.71 %)
286 two-lined caecilian (alternate hap 2019)
GCA_901001175.1
n/a 13,456
(0.33 %)
47,486
(1.34 %)
n/a 44.33
(100.00 %)
2
(0.00 %)
27,233
(100.00 %)
1,968,437
(1.91 %)
1,716,136
(3.97 %)
25,847,315
(43.76 %)
523,234
(6.59 %)
287 two-lined caecilian (v1.2 2021 genbank)
GCA_901001135.2
n/a 14,449
(0.38 %)
40,573
(1.31 %)
n/a 44.40
(99.36 %)
3,573
(0.64 %)
1,330
(100.00 %)
2,274,606
(1.91 %)
2,036,107
(4.34 %)
29,400,957
(44.09 %)
602,911
(6.66 %)
288 Tyrrhenian wall lizard (hap1 2025)
GCA_965153285.1
n/a 14,267
(1.41 %)
20,319
(2.40 %)
n/a 44.04
(99.99 %)
1,024
(0.01 %)
258
(100.00 %)
833,273
(4.46 %)
456,881
(4.04 %)
6,995,048
(37.06 %)
97,620
(3.04 %)
289 Tyrrhenian wall lizard (hap2 2025)
GCA_965153305.1
n/a 13,496
(1.42 %)
18,862
(2.37 %)
n/a 43.96
(99.99 %)
983
(0.01 %)
306
(100.00 %)
780,565
(4.36 %)
422,625
(4.27 %)
6,551,041
(36.66 %)
89,693
(2.97 %)
290 valley gartersnake (HBS 135685 alternate hap 2023)
GCA_029207655.1
n/a 13,267
(1.12 %)
21,667
(2.38 %)
n/a 41.05
(100.00 %)
403
(0.00 %)
226
(100.00 %)
1,344,601
(8.29 %)
1,035,785
(7.00 %)
8,436,473
(45.10 %)
82,750
(2.69 %)
291 valley gartersnake (HBS 135685 primary hap 2023)
GCA_029207665.1
n/a 12,430
(1.10 %)
20,286
(2.36 %)
n/a 41.12
(100.00 %)
446
(0.00 %)
413
(100.00 %)
1,299,478
(9.62 %)
1,018,398
(8.41 %)
7,790,758
(46.28 %)
81,352
(2.71 %)
292 viviparous/common lizard
GCF_011800845.1
47,034
(5.17 %)
14,311
(1.43 %)
20,571
(2.35 %)
32,442
(3.15 %)
43.97
(97.04 %)
51,275
(2.97 %)
25,252
(100.00 %)
949,801
(5.41 %)
498,048
(1.91 %)
7,668,731
(34.21 %)
88,947
(2.62 %)
293 warty newt (primary hap 2024)
GCA_964204655.1
n/a 16,124
(0.09 %)
186,006
(1.43 %)
n/a 45.53
(100.00 %)
4,698
(0.00 %)
1,422
(100.00 %)
4,239,451
(1.37 %)
8,714,648
(13.78 %)
84,859,372
(50.88 %)
2,159,665
(8.20 %)
294 West African lungfish (Aquariam Glaser DD20220218a primary hap 2024)
GCA_040939525.1
n/a 14,330
(0.04 %)
83,285
(0.50 %)
n/a 39.97
(99.99 %)
24,438
(0.01 %)
7,125
(100.00 %)
17,253,560
(4.05 %)
15,370,489
(7.85 %)
31,563
(99.99 %)
548,408
(0.58 %)
295 West African lungfish (FY-2018-M 2021)
GCF_019279795.1
41,847
(0.19 %)
n/a n/a n/a 40.21
(97.52 %)
n/a 12,668
(100.00 %)
16,163,808
(2.67 %)
13,992,750
(5.30 %)
n/a 502,751
(0.52 %)
296 western fence lizard (IW3139 2022)
GCA_023333635.1
n/a 26,067
(1.12 %)
46,795
(2.72 %)
n/a 41.28
(100.00 %)
51
(0.00 %)
1,771
(100.00 %)
2,075,491
(6.60 %)
1,603,401
(7.34 %)
15,565,775
(40.61 %)
184,134
(3.16 %)
297 western fence lizard (IW3139 primary hap 2022)
GCA_023333645.1
n/a 24,835
(1.20 %)
42,146
(2.78 %)
n/a 41.16
(100.00 %)
51
(0.00 %)
659
(100.00 %)
1,842,497
(6.34 %)
1,335,245
(6.14 %)
15,103,683
(37.84 %)
158,311
(2.92 %)
298 western painted turtle (R12L10 2023)
GCF_011386835.1
101,708
(5.23 %)
15,332
(1.01 %)
21,055
(1.60 %)
n/a 44.88
(99.98 %)
1,270
(0.02 %)
9,850
(100.00 %)
4,178,966
(47.39 %)
457,400
(2.29 %)
11,325,467
(35.43 %)
127,896
(2.94 %)
299 western painted turtle (v5 RCT428 2020)
GCF_000241765.5
64,782
(3.76 %)
15,184
(1.08 %)
21,463
(1.64 %)
n/a 44.19
(87.54 %)
184,311
(12.48 %)
259,085
(87.52 %)
4,079,404
(44.68 %)
316,232
(0.93 %)
11,848,718
(27.60 %)
103,623
(1.74 %)
300 western red-tailed skink (HBS 135693 alternate hap 2022)
GCA_026170595.1
n/a 14,019
(1.31 %)
17,620
(2.13 %)
n/a 45.76
(100.00 %)
15
(0.00 %)
39
(100.00 %)
862,216
(4.87 %)
557,627
(3.17 %)
8,002,559
(36.95 %)
183,292
(4.74 %)
301 western red-tailed skink (HBS 135693 primary hap 2022)
GCA_026170395.1
n/a 13,064
(1.32 %)
16,407
(2.16 %)
n/a 45.81
(100.00 %)
12
(0.00 %)
50
(100.00 %)
794,996
(4.86 %)
514,021
(3.46 %)
7,339,914
(37.02 %)
168,847
(4.76 %)
302 western spadefoot toad (hap1 HBS 135690 2023)
GCA_029215705.1
n/a 13,914
(1.72 %)
27,496
(4.28 %)
n/a 40.81
(100.00 %)
198
(0.00 %)
677
(100.00 %)
600,622
(4.04 %)
783,931
(10.70 %)
5,362,245
(41.82 %)
100,334
(5.41 %)
303 western spadefoot toad (hap2 HBS 135690 2023)
GCA_029215755.1
n/a 13,991
(1.72 %)
27,685
(4.24 %)
n/a 40.90
(100.00 %)
190
(0.00 %)
541
(100.00 %)
620,188
(5.00 %)
800,411
(11.19 %)
5,338,766
(42.25 %)
101,603
(5.32 %)
304 western terrestrial garter snake (alternate hap 2019)
GCA_009769695.1
n/a 13,101
(0.94 %)
24,980
(1.75 %)
n/a 41.02
(99.93 %)
19
(0.07 %)
13,642
(99.93 %)
1,410,212
(7.70 %)
1,080,385
(4.56 %)
9,112,844
(43.96 %)
91,606
(2.53 %)
305 western terrestrial garter snake (primary hap 2019)
GCF_009769535.1
33,492
(3.42 %)
13,074
(1.13 %)
18,807
(1.93 %)
31,660
(2.61 %)
40.95
(97.72 %)
1,518
(2.28 %)
365
(100.00 %)
1,271,255
(7.73 %)
979,057
(4.48 %)
8,396,200
(42.63 %)
81,829
(2.47 %)
306 whale shark (14 2022 Squalomix)
GCF_021869965.1
42,052
(2.43 %)
12,059
(0.52 %)
18,460
(1.22 %)
38,963
(1.77 %)
41.51
(91.61 %)
95,208
(8.40 %)
16,684
(100.00 %)
402,747
(0.97 %)
389,119
(1.49 %)
15,298,245
(34.14 %)
21,050
(0.30 %)
307 whale shark (Ralph 2017 Emory U)
GCF_001642345.1
31,857
(1.52 %)
11,884
(0.43 %)
28,482
(1.15 %)
n/a 41.78
(100.00 %)
900,650
(0.03 %)
57,334
(100.00 %)
413,201
(1.16 %)
426,542
(2.75 %)
16,418,143
(38.85 %)
35,192
(0.95 %)
308 whitespotted bambooshark
GCF_004010195.1
54,886
(2.03 %)
12,065
(0.44 %)
19,805
(1.08 %)
n/a 42.06
(94.27 %)
156,554
(5.74 %)
101,977
(100.00 %)
559,291
(0.96 %)
641,094
(3.66 %)
19,566,199
(38.21 %)
28,353
(0.49 %)
309 yellow-bellied toad (maternal hap 2024)
GCA_964205305.1
n/a 14,756
(0.22 %)
45,590
(0.94 %)
n/a 38.94
(99.99 %)
6,811
(0.01 %)
10,308
(99.99 %)
18,937,194
(70.69 %)
7,201,985
(14.20 %)
30,457,322
(66.19 %)
412,512
(1.53 %)
310 yellow-bellied toad (paternal hap 2024)
GCA_964205295.1
n/a 15,637
(0.22 %)
46,444
(0.92 %)
n/a 38.93
(99.99 %)
6,671
(0.01 %)
4,887
(100.00 %)
19,544,300
(70.77 %)
7,435,469
(14.36 %)
31,317,575
(66.35 %)
423,705
(1.55 %)
311 yellowpond turtle (Southern MM-2020 2021)
GCF_020497125.1
65,526
(3.36 %)
15,560
(0.99 %)
21,233
(1.66 %)
n/a 45.17
(96.24 %)
1,041
(3.76 %)
595
(100.00 %)
1,904,996
(14.25 %)
468,779
(2.21 %)
11,403,005
(33.86 %)
135,646
(3.23 %)
312 zebra shark (6-17 2022 Squalomix)
GCF_022316705.1
48,447
(2.64 %)
11,974
(0.57 %)
15,459
(1.26 %)
n/a 41.78
(93.81 %)
87,372
(6.20 %)
1,266
(100.00 %)
392,676
(0.96 %)
348,115
(1.22 %)
15,176,805
(32.93 %)
20,647
(0.38 %)
313 zebra shark (hap1 2023 refseq)
GCF_030684315.1
58,105
(2.61 %)
12,291
(0.48 %)
16,769
(1.14 %)
n/a 43.41
(99.47 %)
1,159
(0.53 %)
835
(100.00 %)
8,087,543
(64.92 %)
798,373
(9.17 %)
14,838,773
(42.39 %)
45,284
(1.67 %)
314 zebra shark (hap2 2023)
GCA_030684295.1
n/a 12,516
(0.44 %)
17,465
(1.05 %)
n/a 44.66
(99.65 %)
1,203
(0.35 %)
2,136
(99.65 %)
8,278,458
(59.68 %)
903,434
(18.42 %)
14,975,344
(48.25 %)
48,378
(1.60 %)
TOTALS:total assembly count 314

Additional hubs with collections of assemblies
Collection Hub index pages: Assembly statistics: Track statistics:
Primates 226 assemblies assembly stats track stats
Mammals 680 assemblies assembly stats track stats
Birds 433 assemblies assembly stats track stats
Fishes 493 assemblies assembly stats track stats
other vertebrates 314 assemblies assembly stats track stats
Invertebrates 1173 assemblies assembly stats track stats
Plants 316 assemblies assembly stats track stats
Fungi 921 assemblies assembly stats track stats
Viruses 421 assemblies assembly stats track stats
Bacteria 123 assemblies assembly stats track stats
legacy/superseded 588 assemblies assembly stats track stats
collections below are subsets of the assemblies above
VGP - Vertebrate Genome Project 1300 assemblies assembly stats track stats
CCGP - The California Conservation Genomics Project 126 assemblies assembly stats track stats
HPRC - Human Pangenome Reference Consortium 96 assemblies assembly stats track stats
BRC - BRC Analytics - Bioinformatics Research Center 982 assemblies assembly stats track stats